Официально войско находилось в подчинении Приамурского генерал-губернатора и командующего войсками Приамурского военного округа. Непосредственное управление войском осуществлял подчиненный ему военный губернатор Амурской области, который одновременно являлся и наказным атаманом Амурского казачьего войска. Он располагал всеми необходимыми правами как по военной, так и по гражданской части. В его подчинении находилось войсковое управление, которое осуществляло непосредственное управление в войске и по военной, и по гражданской части. Приказами атамана и войскового управления назначались окружные атаманы всех десяти станичных округов и начальники также входивших в состав войска трех отдельных участков. (Последние подбирались только из числа строевых армейских офицеров [56].) Местное казачье самоуправление в лице станичных и хуторских атаманов и правлений действовало на основе «Положения» 1891 года с учетом «Мнения Государственного Совета» о возможности Военного совета применять нормы данного «Положения» в зависимости от местных условияй Амурского войска [57]. Данная система управления войском существовала вплоть до 1917 года.
Семиреченское войско в 1899 году вновь переподчиняется туркестанскому генерал-губернатору, а непосредственное руководство им возлагается на наказного атамана, по совместительству военного губернатора Семиреченской области [58].
Высшим органом гражданской власти, ведавшим всеми делами по общественному управлению станиц войска, в соответствии с «Мнением Государственного Совета» от 1 июня 1891 г., предварявшим «Положение», областное правление Семиреченской области, уездные исправники и уездные начальники заменялись войсковым правлением [59]. Местное казачье самоуправление принимало решение в соответствии с «Положением». Такой порядок существовал до 1917 года.
Уссурийское войско находилось в подчинении Приморского генерал-губернатора. Военное и гражданское управление войском осуществлялось его наказным атаманом, по совместительству военным губернатором Приморской области [60]. Атаман назначал начальника Уссурийско-Казачьей округи, который одновременно исполнял обязанности командира Уссурийского казачьего конного дивизиона. Начальник округи сосредотачивал в своих руках непосредственное административное управление и имел права местного полицейского начальства.
Определенные функции гражданского управления войском осуществляло и областное правление Приморской области. Органы местного казачьего самоуправления (станичные и поселковые сходы (сборы), правления, станичный суд) функционировали на основе статей «Положения» с предоставлением Военному совету, как было сказано в предварявшем его «Мнении Государственного Совета», права вносить изменения в соответствии с местными условиями [61].
