В июле 1941 года, в результате последовавшего после начала Великой Отечественной войны слияния органов госбезопасности и внутренних дел в единый НКВД.
Первое управление перешло в новый наркомат 17 июля 1941 года Постановлением ЦК ВКП(б) «Об организации борьбы в тылу германских войск» перед разведывательными органами были поставлены следующие задачи:
налаживание работы по выявлению военно-политических планов нацистской Германии и ее сателлитов во время войны;
выявление истинных планов и намерений США и Англии по вопросам ведения войны и послевоенного устройства;
создание спецотрядов для разведывательно-диверсионных операций в тылу противника;
ведение разведки в нейтральных странах с целью недопущения их перехода на сторону стран «оси»;
осуществление научно-технической разведки в целях укрепления военной и экономической мощи СССР.
В итоге функции разведки были разделены между Первым управлением НКВД и созданной в июле 1941 года самостоятельной разведывательно-диверсионной службой — Особой группой (ОГ) при наркоме внутренних дел СССР.
20 июля 1941 года в составе объединенного на базе НКВД и НКГБ СССР Наркомата внутренних дел СССР образовано Первое (Разведывательное) управление. Утвержденная 12 августа 1941 года структура центрального аппарата Первого управления выглядела следующим образом:
а) Руководство разведки (начальник и его заместители) и б) Школа особого назначения (ШОН).
в) Группы «А» и «Б».
г) Отдел «X» (связь).
д) Оперативные отделы:
1-й (Центральной Европы): Германия, Польша, Чехословакия, Венгрия, украинское отделение;
2-й (Балканский): Болгария, Румыния, Югославия, Греция;
3-й (Западной Европы): Франция, Италия, Швейцария, Испания, Португалия, Бельгия;
4-й (Скандинавский): Финляндия, Швеция, Норвегия, Дания, Голландия;
5-й (Англо-американский): Англия, США, Канада, Латинская Америка;
6-й (1-й Дальневосточный): Япония, Маньчжурия, Корея;
7-й (2-й Дальневосточный): Китай, Таиланд, Синьцзян; 8-й (Средневосточный): Турция, Иран, Афганистан, Индия;
9-й (совколоний, оперучета, въездных и выездных виз).
В 5-й (Англо-американский) отдел вошло отделение НТР, которое в 1939–1942 годах возглавлял Л. Р. Квасников.
С октября 1941 по февраль 1942 года штаб Первого управления вместе с большей частью служб НКВД находился в эвакуации в Куйбышеве. Семьи сотрудников центрального аппарата внешней разведки были эвакуированы в Алма-Ату и Новосибирск.
В апреле 1943 года НКВД СССР был вновь разделен на наркоматы госбезопасности и внутренних дел. Первое (Разведывательное) управление перешло в ведение НКГБ СССР. В общей сложности к концу войны за рубежом действовало свыше 96 легальных и нелегальных резидентур НКГБ, в отдельных странах (США, Китай, Иран, Великобритания и др.), как и ранее, имелось по нескольку разведаппаратов.
