Одновременно оккупационные власти спешно строили концентрационные лагеря для заключенных. В Тарту такой лагерь был создан на Выставочной площади. Историк Э. Я. Мартинсон писал: “Когда все девять павильонов бывшей выставки были забиты узниками, фашисты и их пособники создали еще один концлагерь - прямо под открытым небом: в землю были врыты столбы, на них натянули рядов в 25-30 колючую проволоку, и еще один атрибут “нового порядка” был готов. Семь концентрационных лагерей было создано фашистами в городе эстонских текстильщиков - Нарве, около двадцати на территории только Вирумааского уезда”.
Историк А. К. Рашкевиц писал: “Осенью 1941 года недалеко от Риги, в Саласпилсе, нацисты приступили к строительству крупнейшего в Прибалтике концентрационного лагеря для политзаключенных. Саласпилсский концлагерь был центральным лагерем всего “Остланда” и имел много филиалов на территории Латвии. Народ его назвал “мельницей смерти”… В Саласпилсском лагере содержались и были убиты не только граждане Советской Латвии. Сюда фашисты пригоняли также жителей Белоруссии, Литвы, даже граждан Польши и Чехословакии, Франции и других оккупированных стран. Всего в Саласпилсском концлагере фашисты убили и замучили 53700 человек”.
Рашкевиц отмечал: “Основной формой уничтожения мирных граждан, которую применяли нацисты, был расстрел. Однако наряду с этим они применяли также передвижные газовые камеры-“душегубки” для умерщвления людей, вешали их, но так как все это требовало известного труда и средств, то фашисты применяли очень простую, но мучительную форму уничтожения - голод. Держали в лагерях, в тюрьмах людей без пищи, без воды, пока те не умирали. Много заключенных погибало от разных болезней - тифа, дизентерии и др. Умирали от истязаний и пыток”.
Помимо уничтоженных в Саласпилсском лагере, под Ригой в Бикерниекском лесу фашистами было убито 47 тысяч мирных граждан, в Румбульском лесу - 38 тысяч. Массовые расстрелы производились также в Даугавпилсе, Лиепае, Резекне, Валмиере и других городах, в концентрационных лагерях в Страздумуйже, Бишумуйже, Милгрависе, в Дрейлиньском лесу близ Риги, в Шкедских дюнах близ Лиепаи, в лесу у озера Нинерие.
Многих уничтожали сразу после ареста. “Самые массовые расстрелы в оккупированной Эстонии, - сообщал Э. Я. Мартинсон, - производились в деревне Лемматси, под Тарту, у противотанкового рва, вырытого трудящимися города до его захвата гитлеровцами. Здесь находится самая крупная на эстонской земле братская могила жертв фашизма - у края противотанкового рва залпы гестаповцев оборвали 12 тысяч человеческих жизней… Свыше 15 тысяч человек расстреляли фашисты на территории бывшего Вирумааского уезда, 24 тысячи человек - на острове Сааремаа, 28500 человек - в городе Нарве, свыше 2 тысяч человек убили фашисты в песках Калеви-Лийва, около 3 тысяч убили и сожгли в Клоога”. Тысячи расстрелянных были закопаны в братских могилах в Кивиыли, Вильянди, Валга.
