В тот же день боярину Головину, ведавшему в Москве делами в связи с готовящейся обороной Севера от шведов, Афанасий сообщал:
«…Был при Малой Двинке на оном расчищенном от поросли месте, где же по благоволению благочестивейшего нашего великого государя начинается строитися оная крепость, и смотрих угодного под то строение места купно с градодержателем двинским воеводою князем Алексеем Петровичем и со инженером общим советом избрахом и определихом под строение той крепости место зело угодное и во отпор неприятелей во всем потребное и необходимое, яко такового места другого во всем Двинском Березовском устье не обретается».
Судя по этим документам, высокопоставленная духовная особа, почитаемая и любимая Петром, была способна в случае опасности преобразиться и сменить крест на ружье, а ладан на порох.
Закладка крепости в конце концов была произведена с опозданием, 12 июня. После водосвятия участники пили за здоровье Петра.
В этот час, как бы в ответ на пушечный салют, сверкнула молния, грянул гром и град, величиной с картечь, в несколько минут усыпал землю.
– Божие предзнаменование, – определил архиепископ Афанасий, – быть сей цитадели грозной защитой городу нашему и отечеству от врагов лютых…
Люди сочли такую непогодь как божью милость и начали снова молиться о здравии государя Петра «и покорити под нози его всякого врага и супостата».
– Надобно спешить и спешить, ни царь, ни сам господь бог не потерпят промедления нашего, – говорил архиепископ Афанасий стольнику Сильвестру Иевлеву, ведавшему подвозом строительных запасов Новодвинской крепости.
– Не скупитесь, владыка. Много чего до дела надобно, много, – припрашивал Сильвестр.
– Знаю, и защиты города ради, и любви моей и радения великому государю, мною отдана на крепость вся сила людская, сколь можно, материи всякой, считай сам сколь: кирпича полста тысяч, триста бочонков извести, с тысячу камней тесаных да мостовых. А сколько возов бутового камня и щебня свезено, так то не в счет. Пусть купечество не поскупится, даст больше. А я еще повелю своим благоволением забрать для крепостного дела все, что есть избыточно у Пертоминского монастыря.
Деятельная причастность архиепископа Афанасия, Петрова любимца, к строению крепости вполне естественна, если взять во внимание, что царь, тревожась за судьбу Архангельска, писал предупредительные грамоты и ему, архиепископу.
В одной из них Петр, извещая Афанасия об опасности, повелевает объединить разумные усилия «со общего совету» с воеводой:
