Микеланджело изобразил всех персонажей нагими, и в этом был глубокий расчет великого мастера. В телесном, в бесконечном разнообразии человеческих поз он, так умевший передавать движения души, через человека и посредством человека изображал всю огромную психологическую гамму обуревавших их чувств. Но изображать нагими Бога и апостолов — для этого в те времена нужна была великая смелость. Кроме того, понимание «Страшного суда» как трагедии вселенского бытия было недоступно современникам Микеланджело. Это видно из переписки венецианского литератора и памфлетиста Пьетро Аретино с художником. Аретино хотел видеть в «Страшном суде» традиционную средневековую трактовку, то есть изображение Антихриста. Он хотел видеть вихри стихий — огня, воздуха, воды, земли, лики звезд, луны, солнца. Христос, по его мнению, должен был быть во главе сонма ангелов, в то время как у Микеланджело главный герой — человек. Поэтому Микеланджело и ответил, что описание Аретино доставило ему огорчение и изобразить его он не может. Через несколько веков исследователь итальянского искусства Дворжак, который тоже не воспринимал «Страшный суд» как космическую катастрофу, видел в гигантских изображениях только «ветром закрученную пыль».
Центром композиции является фигура Иисуса Христа, единственно устойчивая и не поддающаяся вихрю движения действующих лиц. Лицо Христа непроницаемо, в карающий жест его руки вложено столько силы и мощи, что он истолковывается только как жест возмездия. В смятении отвернулась Мария, не в силах ничего сделать для спасения человечества. В грозных взглядах апостолов, тесной толпой подступающих к Христу с орудиями пыток в руках, тоже выражено лишь требование возмездия и наказания грешников.
Искусствовед В.Н. Лазарев писал о «Страшном суде»: «Здесь ангелов не отличить от святых, грешников от праведников, мужчин от женщин. Всех их увлекает один неумолимый поток движения, все они извиваются и корчатся от охватившего их страха и ужаса... Чем внимательнее вглядываешься в общую композицию фрески, тем настойчивее рождается ощущение, будто перед тобой огромное вращающееся колесо фортуны, вовлекающее в свой стремительный бег все новые и новые человеческие жизни, ни одна из которых не может избегнуть фатума. В таком толковании космической катастрофы уже не остается места для героя и героического деяния, не остается места и для милосердия. Недаром Мария не просит Христа о прощении, а пугливо к нему прижимается, обуреваемая страхом перед разбушевавшейся стихией... По-прежнему Микеланджело изображает мощные фигуры с мужественными лицами, с широкими плечами, с хорошо развитым торсом, с мускулистыми конечностями. Но эти великаны уже не в силах противоборствовать судьбе. Поэтому искажены гримасами их лица, поэтому так безнадежны все их, даже самые энергичные, движения, напряженные и конвульсивные».
