Постройку строительных лесов для росписи потолка папа Юлий II поручил Браманте, но тот подвесил платформу на веревках и во многих местах из-за этого потолок был пробит. Микеланджело долго размышлял, каким же образом будут заделаны эти дыры, когда нужно будет расписывать эти места. Донато Браманте на это ответил, что по-другому сделать было невозможно, а о дырах в потолке можно будет подумать в свое время. Но Микеланджело велел снять эти жалкие сооружения и построил не касающиеся стен подмостки, лежа на которых и приступил к работе. Свои мысли Микеланджело выразил в таких стихах:
Я получил за труд лишь зоб, хворобу
(Так пучит кошек мутная вода,
В Ломбардии — нередких мест беда!)
Да подбородком вклинился в утробу.
Грудь — как у гарпий; череп, мне на злобу,
Полез к горбу, и дыбом борода;
А с кисти на лицо течет бурда,
Рядя меня в парчу, подобно гробу;
Сместились бедра начисто в живот;
А зад, в противовес, раздулся в бочку;
Ступни с землею сходятся не вдруг;
Свисает кожа коробом вперед.
А сзади складкой выточена в строчку,
И весь я выгнут, как сирийский лук.
Он выписал из Флоренции некоторых своих товарищей, которые были более привычны к фресковой живописи, чтобы иметь помощников в таком ответственном предприятии. Хотя некоторые и утверждали, что сделал он это из-за незнания техники фресковой живописи. Однако Микеланджело остался недоволен работой своих учеников и уничтожил все, что они сделали.
По словам его биографа, он сам растирал краски, приготовлял известковый раствор, приходил в капеллу с рассветом и уходил ночью, довольствуясь лишь легким обедом. Начатых работ Микеланджело не показывал никому. Но едва лишь он принялся за дело, как чуть было не пришлось отказаться от работы. Еще свежие краски вдруг стали покрываться плесенью, причины которой сначала никто не мог понять. Потом, правда, установили, что виной всему стало плохое качество римской извести, и что Микеланджело употреблял свой раствор слишком сырым. Когда все было исправлено, он с прежним жаром принялся за дело и в 20 месяцев без всяких препятствий выполнил половину работы.
Но тайна, которою он при этом окружил себя, сильно возбуждала общее любопытство. Микеланджело не желал, чтобы его посещал даже папа. Однако Юлий II был у него несколько раз, и, несмотря на свой преклонный возраст, поднимался на леса. Он был нетерпелив до предела, и постепенно им овладевало все большее нетерпение. Он то и дело требовал, чтобы художник пустил его к себе наверх и показал свою работу. Но и Микеланджело не любил, чтобы ему мешали, поэтому не пускал Юлия II. Иногда папа проникал в капеллу тайком, и тогда Микеланджело бросал сверху доски, которые обращали в бегство взбешенного старика. Папа хотел безотлагательно разделить со всеми свое удивление и восхищение, и напрасно Микеланджело заверял его, что еще не совсем окончил работу. Юлий II ничего не хотел слышать, и не успела еще улечься пыль от разобранных лесов, как 1 ноября 1509 года капелла была открыта.
