Вся композиция «Тайной вечери» пронизана движением, которое породили слова Христа. На стене, как бы преодолевая ее, развертывается перед зрителем древняя евангельская трагедия. Предатель Иуда сидит вместе с другими апостолами, хотя старые мастера изображали его сидящим отдельно. Леонардо да Винчи выявил его мрачную обособленность куда более убедительно, окутав Иудины черты тенью.
Иисус Христос — центр всей композиции, всего того водоворота страстей, которые бушуют вокруг него. Христос у Леонардо — идеал человеческой красоты, ничто не выдает в нем божества. Его невыразимо нежное лицо дышит глубокой скорбью, он велик и трогателен, но он остается человеком. Точно так же страх, удивление, ужас, живо изображенные жестами, движениями, выражением лиц апостолов, не превосходят обыкновенных человеческих чувств. Это дало французскому исследователю Шарлю Клеману основание задаться вопросом: «Превосходно выразив истинные чувства, дал ли Леонардо своему творению всю силу, какую требует такой сюжет?» Да Винчи был отнюдь не христианином и не религиозным художником, религиозная мысль не проявляется ни в одном из его произведений. Не найдено тому подтверждения и в его записях, где он последовательно записывал все свои мысли, даже самые тайные.
То, что увидели пораженные зрители, когда зимой 1497 года они вслед за герцогом и его пышной свитой заполнили простую и строгую трапезную, действительно, было совершенно непохоже на предшествовавшие росписи подобного рода. «Картины» на узкой стене, противоположной входу, как будто бы совсем и не было. Видно было небольшое возвышение, а над ним потолок с поперечными балками и стены, образующие (по замыслу Леонардо) живописное продолжение реального пространства трапезной. На этом возвышении, замыкавшемся тремя окнами с видом на горный пейзаж, был изображен стол — точно такой же, как и другие столы в монашеской трапезной. Стол этот покрыт такой же скатертью с простым тканым узором, какими покрыты столы и других монахов. На нем стоит такая же посуда, как и на других столах. Христос и двенадцать апостолов сидят на этом возвышении, замыкая четырехугольником столы монахов, и как бы вместе с ними справляют свою вечерю. Таким образом, когда сидящие за яственным столом монахи могли быть легче увлечены мирскими прельщениями, им надлежало на вечное поучение показать, что в сердце каждого невидимо может вкрасться предатель, и что Спаситель болеет о каждой заблудшей овце. Этот урок монахи должны были ежедневно видеть на стене, чтобы великое поучение проникало в их души глубже, чем молитвы.
