В июне 1547 года в Москве случился страшный пожар, во время которого выгорела большая часть Кремля, в том числе все иконное убранство Благовещенского собора и царский дворец с его иконами и сокровищами. Но «Троицы» тогда в Москве не было, она появилась там не позднее 1554 года, поскольку к этому времени для нее был уже изготовлен великолепный золотой оклад. Создать его могли только златокузнецы царских мастерских Кремля. Вернувшийся на пепелище юный монарх приказал вызвать из Новгорода и Пскова лучших художников, чтобы они украсили иконами и фресками выгоревшие церкви и палаты. Для выполнения этих работ требовалось немало времени, и потому царь разослал во многие русские города «по святые и честные иконы» и велел поставить их в «Благовещении» и других храмах, «доколе новые иконы напишут». Вероятно, тогда-то и появилась в Москве «Троица».
После написания новых икон привезенные ранее по обычаю были возвращены обратно, но не все. Поскольку «святость с государевых дворов» была собственностью царя, то Иван Грозный и оставил у себя «Троицу». Но не просто оставил, а уделил ей особое внимание. Вскоре после победоносного возвращения с Волги он украсил многие прославленные иконы, но ни одну так пышно, как «Троицу» (в конце XVI века этот оклад был заменен новым, сделанным по заказу Бориса Годунова). А в Троице-Сергиев монастырь, предполагает В.А. Плугин, икона попала, возможно, в декабре 1564 года. В это время Иван Грозный ввел опричнину, которая характеризовала собой новый этап в жизни Московского государства. Этап этот ознаменовался внезапным отъездом царя в Александровскую слободу — со всеми приближенными и слугами, со всей казной и «святостью» По дороге в слободу Иван Грозный посетил Троицкую обитель, которая незадолго до того погорела и нуждалась в иконах. Может быть, тогда Иван Васильевич и пожертвовал монастырю лучшее произведение великого мастера.
До революции «Троица» оставалась в Троицком соборе Троице-Сергиевой лавры, но потом распоряжением Советского правительства она была передана для реставрации в только что учрежденные Центральные государственные реставрационные мастерские. Рублевская икона и до этого не раз промывалась, прописывалась, иногда покрывалась олифой, которая скоро темнела. Все это, конечно же, сказывалось на сохранности первоначальной живописи Лишь в 1919 году «Троица» была окончательно освобождена от поздних наслоений, и с тех пор она всех чарует своим художественным совершенством. После реставрации в 1920 году она была выставлена для всеобщего обозрения среди других икон, а ныне находится в Третьяковской галерее На ее месте в иконостасе Троицкого собора поставлена копия, очень хорошо выполненная художником-реставратором Н.А Барановым.
