Хотя эта аргументация может показаться привлекательной, она не может быть убедительным доказательством теории эволюции, так как структурное сходство между различными организмами также согласуется с концепцией творения — творения согласно общему замыслу, с модификациями, которые соответствуют особым требованиям.
Однако, помимо этого, существуют некоторые фундаментальные проблемы, связанные с использованием концепции гомологии для подтверждения эволюционной теории. По существу, гомология фальсифицирует теорию эволюции. Выдающийся английский эволюционист профессор Гэвин де Бир, в прошлом директор Британского музея естественной истории, в своей Оксфордской монографии по биологии, озаглавленной «Гомология, нерешенная проблема», обсуждает многие доказательства, противоречащие идее унаследования гомологичных структур от общего предка. Две важные области, которые он в этой связи рассматривает, это эмбриология и генетика. Если бы гомологичные структуры были в самом деле унаследованы от общего предка, то мы бы смогли обнаружить присутствие гомологичных генов и существование гомологичных моделей эмбрионального развития, которые дают начало гомологичным структурам. Однако, на самом деле это не так, и, как подчеркивает доктор Майкл Дентон, «гомологичные структуры часто определяются негомологичными генетическими системами, а концепцию гомологии редко можно распространить на эмбриологию» [25, с. 44].
Однако самым дискредитирующим эволюционную интерпретацию гомологии доказательством оказались генетические данные. Профессор де Бир пишет: «Теперь ясно, что то чувство гордости, с которым предполагалось, что наследование гомологичных структур идет от общего предка, неуместно, поскольку такое наследование не может быть приписано идентичности генов. Попытка обнаружить гомологичные гены были оставлена, как безнадежная… Каким же может быть механизм, который приводит к образованию гомологичных органов, одних и тех же моделей, несмотря на то, что они не контролируются теми же самыми генами? Я задал этот вопрос еще в 1938 году, и ответа на него до сих пор не получено. Бесполезно предполагать какое—либо объяснение в отсутствие фактов» [55, с. 3].
Поскольку гены — единицы наследственности — определяют все характеристики организма, из этого следует, что если бы организмы эволюционировали от общего предка, то гены, которые определяют гомологичные структуры, были бы сходными. Но, как говорит де Бир, «попытки обнаружить гомологичные гены, кроме близкородственных видов, которые, согласно креационистам, лежат в пределах определенного сорта (архетипа) были оставлены как безнадежные…» [Там же, с. 9].
