При владычестве мусульман кафедры часто вдовствуют, патриархи ограничиваются в правах передвижения (Св. Софроний) или изгоняются (патриарх Феодор).
В начале IX-го в. начались страшные гонения. Они возобновились во второй половине IX-го в. и достигли особой свирепости при халифе Аль Хакиме (996-1021). Арабов сменили в 1076-м году турки-сельджуки, и страдания христиан продолжались.
Крестовые походы (Иерусалим взят крестоносцами в 1099-м году) принесли свои испытания из-за стремления крестоносцев латинизировать христианский Восток.
Некоторое успокоение и мир христиане Иерусалимской Патриархии обрели в конце XII-го века с владычеством мамелюков. Саладин и его преемники утверждали права и власть Патриарха над Святыми Местами, но запрещали возводить новые храмы или монастыри.
Турки, завоевавшие Палестину в 1517-м году, признавали за православными и их патриархами ряд прав, но признания эти часто бывали лишь на бумаге. Так как в Иерусалим стекались паломники со всего мира, турецкие местные власти смотрели на Святые Места как на источник личного обогащения. На каждом шагу паломника с него взимали различные пошлины, Патриархия обкладывалась непомерно высокими налогами, к которым добавлялась необходимость задаривать чиновников, ради избежания «неприятностей» и даже преследований.
* * *
Мы видели, что из всех христианских европейских держав лишь Российская Империя болела душой за угнетенных православных Святых Мест и бескорыстно выступала в их защиту.
С XIX-го века православному Патриарху приходится отражать наступления католических и протестантских миссий, которые, располагая большими средствами, развивали прозелитизм среди христианского-православного населения, перетягивая его в свою орбиту.
Не смотря на все трудности, отметим, что с XVI-го по XX-й в. (т. е. с 1493 г. по 1897 г.) на патриаршем престоле перебывало всего 23 Патриарха. Учитывая смутность этих времен, столь незначительное количество предстоятелей свидетельствует о высоком уровне как всей Иерусалимской Церкви, так и ее предстоятелей.
Связь с Россией
Мы описали заботы Российской Империи о Ближнем Востоке и роль, которую сыграло с конца XIX-го века до 1-й Мировой Войны Российское Императорское Палестинское Общество. Отметим здесь влияние Иерусалимской Патриархии на Русскую церковную жизнь.
В 1619-м году Патриарх Феофан Иерусалимский посетил Россию для получения пожертвований для нужд Святой Земли. В русской Церкви, только что пережившей Смутное время, встал вопрос о необходимости пересмотреть тексты издаваемых ею Богослужебных книг. Надлежало исправить книги и удалить вкравшиеся в них ошибки и несуразности. К работе был привлечен архимандрит Троицко-Сергеев-ской Лавры, сподвижник Авраамия Палицына, Дионисий. Архимандрит Дионисий с сотрудниками, «безо всякий хитрости, сидели полтора года день и ночь» и с небывалой еще тщательностью проверили и исправили ряд книг. Особенно много серьезных ошибок было найдено в Типиконе изд. 1610-го года, подготовленном к печати Логгином Коровой. Логгин стал интриговать против исправителей, в результате чего все исправители были осуждены в июле 1618-го года.
