Больше половины церквей было закрыто. Местные ответственные работники, как правило, делали это грубо, ломая все, что находилось внутри храма. Иной раз в течение одного дня закрывали до ста пятидесяти церквей.[77] Священники, лишившись своих приходов, с семьями и без всяких средств к существованию, нередко бывали вынуждены идти по миру. Было значительно уменьшено число монастырей. Из ста существовавших после войны осталось лишь шестнадцать. Пять семинарий были ликвидированы. Продолжали свое существование только три семинарии в Москве, Ленинграде и Одессе и две духовных академии в Москве и Ленинграде.
Возобновились аресты, было организовано несколько процессов над духовными лицами, но в целом власти предпочитали теперь действовать либо административными методами, ссылаясь на мотивы безопасности, планы города, санитарные условия и т. д., либо оказывая давление на Патриархию и духовенство. Вмешивались во все, прежде всего, в перемещение епископов.[78]
Упоминание об этих действиях, плохо завуалированных, можно найти в конфиденциальном докладе, написанном несколько лет спустя и ставшем известным благодаря утечке. Речь здесь идет о монастырях, но подобным же образом поступали и с церквами: «Руководствуясь указаниями директивных органов, за последние годы на местах проведена значительная работа по сокращению сети монастырей. В этих же целях использовано и возросшее влияние Совета по делам Русской Православной Церкви на патриархию и епископат. Руками церковников было закрыто несколько десятков монастырей. В 1963 году под благовидным предлогом (оползни в пещерах, необходимость исследования грунта и реставрации) была закрыта Киево-Печерская лавра, привлекавшая до 500 тысяч паломников».[79]
Патриарх был старым, в 1957 году ему исполнилось восемьдесят, секретарь оберегал его от всех внешних контактов. Однако митрополит Николай, занимавший в Церкви второе после Патриарха место, все же пытался реагировать на происходящее.[80] После 1945 года именно он был инициатором политики компромиссов между Церковью и государством, надеясь, что оно отплатит взаимностью, он изо всех сил старался выгородить СССР перед лицом мира, поэтому его даже порою называли «вторым министром иностранных дел»; митрополиту удалось воздействовать на патриотические чувства русских эмигрантов, побуждая их возвращаться в Советский Союз, и т. п.
Поэтому новое антирелигиозное наступление означало провал его усилий. Ему удалось убедить Патриарха воспользоваться Конгрессом в защиту мира, на который тот был приглашен, и открыто сказать о новых нападках на Церковь со стороны властей. Но власти не дремали и сумели оказать давление на Патриарха. В результате он отстранил от дел владыку Николая. Несколько месяцев спустя тот, всеми покинутый, скончался.
