Все учебные заведения, готовившие православных священников, были упразднены после революции; в Москве теперь восстановили духовную академию и семинарию, которые сначала находились в Новодевичьем монастыре, а затем переместились в Троице-Сергиеву Лавру. В семинарии давалось первоначальное необходимое для священника образование, с тем, чтобы он мог трудиться на приходе. Пройдя этот первый этап, некоторые могли продолжать обучение на более высоком уровне в академии. В Ленинграде также вновь открыли академию и семинарию. Еще в нескольких городах были открыты семинарии. Вновь стало возможным издание периодического ежемесячника — «Журнала Московской Патриархии»; его начал было издавать владыка Сергий несколько лет назад, но тогда он был быстро прикрыт.
Однако для Церкви по-прежнему оставалась запретной любая форма деятельности в обществе. Единственной свободой, которая ей действительно была дана, оказалось право совершать богослужение. К Церкви относились приблизительно так, как к резервации индейцев — их не уничтожали при условии, что они не перейдут отмеченную грань. Ей было дозволено всего лишь удовлетворять «религиозные нужды» населения — согласно иронической формуле Маркса, который причислял их к нуждам физиологическим — вышеупомянутые нужды понимались советскими руководителями лишь как отправление культа.
Кроме того Церковь была поставлена под строгий надзор. Был создан специальный орган при Совете Министров СССР: Совет по делам православной Церкви. Говорилось, что это было сделано для того, чтобы Совет служил посредником между религиозными организациями и советской властью, а на деле, чтобы осуществлять непосредственную связь с органами и постоянно контролировать деятельность Церкви. Находясь в Москве, он имел уполномоченных в каждой области. Подобный же Совет занимался другими религиями. Тогда Советская власть стала использовать Церковь в целях, связанных с международной политикой. Православным иерархам было позволено устанавливать отношения с внешним миром при условии, что они будут выступать в духе советской пропаганды, особенно в тех кругах Запада, на которые мало влияли коммунистические партии. Между тем, наравне с другими обитателями ГУЛАГа, верующие, находящиеся в лагерях, не были выпущены на свободу. Поэтому епископ Афанасий, отцы Иеракс и Петр продолжали отбывать срок, и вообще аресты среди верующих не прекратились.
Однако при всем том Церковь смогла подняться. Сразу после войны она получила некоторую свободу действий, чуть большую, чем в последующие годы, когда режим вновь набросился на нее своей идеологией неумолимо и яростно. К тому же Церковь получила подкрепление, в нее влились новые силы — клирики, из аннексированных СССР вследствие войны стран, которые до этого еще не попади под дорожный каток советизации. Часть священников и епископов, покинувших Россию после революции, возвратилась в страну. Они привнесли сюда немного кислорода, хотя жизнь их была часто очень трудной. Наконец православная Церковь восстановила свое единство. Во время войны обновленцы практически утратили своих последних приверженцев. С другой стороны, епископы, порвавшие с митрополитом Сергием, теперь признали Алексия I Патриархом. Если еще и оставались общины в подполье, то, кажется, они были немногочисленны. Владыка Афанасий, отец Иеракс и отец Петр в 1945 году из лагеря сумели передать своим духовным чадам письмо, где излагалась их позиция. Новый Патриарх избран законным путем и, действительно, олицетворяет единство Церкви. Если некоторые действия Алексия I и Патриархии могут смущать и соблазнять ревностных православных, то все это останется на его совести и за это он даст отчет Господу, но это не основание для того, чтобы они себя лишили благодати святых таинств.
