Другим дефектом итальянских командных структур была иерархическая организация Супермарины. На вершине стоял начальник Штаба ВМФ, он же заместитель военно-морского министра, в силу этого сильна загруженный делами министерства. В результате на практике оперативное руководство Супермариной оказывалось в руках заместителя начальника штаба, который часто был единственным человеком, знакомым со всеми деталями текущего положения, но чья активность и инициатива были ограничены. Его положение усложнялось тем, что только его начальник лично обсуждал все оперативные проблемы с Муссолини, являвшимся верховным главнокомандующим вооруженными силами и с итальянским Верховным Командованием. Как упоминалось выше, начальник Штаба ВМФ не всегда хорошо знал нюансы положения, чтобы убедить Верховное Командование принять точку зрения флота. Положение дел становилось еще более плачевным, поскольку само итальянское Верховное Командование, слабо понимало стратегические и технические проблемы морской войны, которая велась на Средиземном море.
Начальник германского Абвера адмирал Канарис, умный и хорошо информированный наблюдатель, сказал маршалу Роммелю: «Итальянский флот, в основном, высокого качества, что позволит ему противостоять лучшим флотам мира. Однако его Верховному Командованию не хватает решительности. Но, скорее всего, это результат того, что ему приходится действовать под руководством итальянского Верховного Командования, которое контролируется армией».
Работа различных отделов складывалась в функционирование Супермарины в целом. Самым важным из них был так называемый Оперативный Центр. Через него проходили все донесения, он отдавал все специальные и экстраординарные приказы. С помощью картотеки больших настенных карт Оперативный Центр отслеживал местонахождение всех кораблей, своих и вражеских, в море и в портах. Оперативный Центр был той точкой, откуда осуществлялось руководство флотом в целом и всеми итальянскими кораблями, начиная от линкоров и кончая последним буксиром. Этот нервный центр итальянского флота непрерывно функционировал с 1 июня 1940 года, когда начала действовать Супермарина, и до 12 сентября 1943 года, когда начальник Морского Генерального Штаба, прибыв после подписания перемирия в Бриндизи, принял там командование флотом.
В целом Супермарина была высокоэффективной организацией, а ее Оперативный Центр вполне удовлетворительно справлялся со своими обязанностями в ходе всей войны. Остальным отделам Супермарины в общем не хватало воображения, чтобы отыскать то остроумные решение среди тысяч вариантов, которое будет ключом к успеху. Эта слабость не была недостатком отдельных офицеров Супермарины. Скорее, она была следствием их перегруженности канцелярской работой, что не оставляло им времени для выработки и четкой формулировки «оперативных идей». Это было особенно верно для офицеров, занимавших высшие посты.
