В 1942 г. Союзный атомный проект вступил в совершенно новую фазу.
Рузвельт и Черчилль пришли к соглашению о том, чтобы сосредоточить всю работу английских и американских научных коллективов в Канаде и в Соединенных Штатах. В Соединенных Штатах верховный контроль над атомными работами перешел от ученых в руки Военно-политического комитета, в состав которого вошли три представителя Вооруженных сил: генерал Стайер, адмирал Парнелл и генерал Лесли Гровс, и только два ученых: доктор Ванневар Буш и доктор Джемс Конэнт. С 13 августа 1942 г. всему плану в целом присвоили условное наименование «Манхэттен проект». Атомные специалисты с этого времени стали именоваться просто «научным персоналом» и были обязаны подчиняться строгим требованиям режима военной секретности.
Это был, вероятно, первый случай в истории, когда ученые — люди столь блестящего ума — добровольно согласились на существование, совершенно непохожее на их прежний образ жизни. Они беспрекословно приняли требование не опубликовывать своих открытий до окончания войны. Ведь еще до войны они сами провозгласили необходимость секретности. Но военные власти в своих ограничениях пошли еще дальше. Они возвели невидимые стены вокруг каждой отрасли исследований так, что ни один отдел не знал, что делают другие. Из 150 000 человек, занятых в «Манхэттенском проекте», едва ли человек двенадцать знали весь план в целом. А в действительности очень немногие из всего персонала вообще знали о том, что работают над изготовлением атомной бомбы. Например, большинство работников вычислительного центра в Лос-Аламосе в течение длительного времени не имели представления о действительном назначении сложных вычислений, выполняемых ими на счетных машинах. Такое неведение не давало им возможности проявить подлинный интерес к работе. Наконец, Фейнман, один из молодых физиков-теоретиков, ухитрился получить разрешение на то, чтобы рассказать сотрудникам в Лос-Аламосе, какую работу они должны выполнить. После этого служба здесь достигла значительно более высокого класса, и многие сотрудники с этого времени добровольно оставались работать сверх положенного времени.
В тех случаях, когда между отдельными звеньями возникала необходимость в обмене мнениями, на такое мероприятие приходилось получать специальные санкции и, в первую очередь, от военного начальства. Физик Генри Д. Смит, будущий автор доклада о проекте в целом, из-за этих правил оказался в оригинальной ситуации. Так как он возглавлял одновременно два отдела, то, строго говоря, для разговора с самим собой он должен был получать предварительное разрешение.
