Известно существование отдельных российских масонских лож и после запрещения масонства.
Новый этап российского масонства наступает в конце XIX — начале XX века. «Русские масоны, — писал Г. Аронсон, — как бы светили заемным светом с Запада «. Первые русские масонские ложи в начале XX века организуются масонскими эмиссарами из Франции Сеншолем и Буле.
Массовую масонскую работу в России осуществляет масон М.М. Ковалевский. В 1905-1906 годах он вместе с французскими эмиссарами создает филиал французских лож «Космос» и «Гора Синай», завербовав туда ряд известных политических деятелей и писателей. Именно тогда уже числятся в масонах один из лидеров кадетов Маклаков В.А., князь Урусов С.Д., дипломат И. Лорис-Меликов, граф Орлов-Давыдов, присяжный поверенный М.С. Маргулиес, писатели А.М. Амфитеатров и Вас. Ив. Немирович-Данченко.
Вскоре Ковалевскому поручается открыть две ложи в Москве и одну в Петербурге. К 1908 году в России было образовано не менее 18 масонских лож, кроме Москвы и Петербурга, в Нижнем Новгороде, Харькове, Киеве, Варшаве, Иркутске и других городах. Ложи утверждались Великим Востоком Франции.[20]
С самого начала моделируется зависимый характер русских лож от Запада. Оттуда идут инструкции и поучения, как действовать в тех или иных условиях, какую политику поддерживать, а какую торпедировать.
Масонские ложи складываются как тайный политический центр собирания антирусских сил. Они объединяют вокруг себя представителей правящих слоев и образованного общества, лишенных национального сознания, ненавидевших историческую Россию и мечтающих о её крушении. Многие масоны ненавидели само слово «Россия», отрицая за ней, как за государственной единицей, право на целостное существование. По политической принадлежности масоны преимущественно принадлежали к так называемым либералам — от левых октябристов до правых социалистов.
В 1909 году масон В.П. Обнинский признавался: «Почти столетие мирно спавшее в гробу русское масонство показалось воскресшим к новой жизни. Оставив там, в гробу этом, внешние доказательства, в виде орудий ритуала и мистических книг, оно выступило в эмансипированном виде политической организации, под девизом которой — „свобода, равенство, братство“ — могли соединяться чуть ли не все политические группы и партии, соединиться для того, чтобы свергнуть существующий строй. Масонские ложи становятся координирующим центром антирусского революционного движения. Недаром известный русский анархист Кропоткин считал, что „русскому революционному движению хорошо и полезно быть связанным с масонством“. Впрочем, так считали не только анархисты. С масонским движением сотрудничают эсеры, меньшевики и даже большевики в лице Скворцова-Степанова, Середы, Луначарского, Петровского и др.
