Вскоре, однако, этого показалось ему мало. Он предположил, что в жарких, сухих областях Ближнего Востока еще могли сохраниться неразграбленные мусульманами древние монастыри. Здесь христиане давних времен могли найти надежное убежище и, возможно, спрятать и древние свитки Писаний. Так в 1844 году 29-летний Тишендорф верхом на верблюде в сопровождении четырех бедуинов отправился на гору Синай, в монастырь св. Катарины. Этот монастырь был построен в 530 году императором Юстинианом на месте, где с четвертого века жили монахи. Добившись расположения монахов, Тишендорф начал поиски в запущенном строении, в котором находилась монастырская библиотека. Однажды он наткнулся на большую корзину, наполненную пергаментами: библиотекарь пояснил ему, что недавно монахи сожгли уже два больших вороха подобного «хлама». В корзине Тишендорф обнаружил 129 страниц греческого Ветхого Завета, более древних, чем все известные в то время рукописи! С большим трудом ему удалось добыть 43 страницы, и то только потому, что их все равно собирались сжечь…
Находка подстегнула Тишендорфа, но, как он ни искал, книги, из которой были выдраны эти листки (и которая, возможно, содержала и Новый Завет), он не обнаружил. В 1853 году он еще раз обыскал весь монастырь, но и на этот раз безуспешно. Но таинственный кодекс не оставлял его в покое, и в 1859 году он еще раз посетил монастырь, на этот раз с рекомендательным письмом от русского царя, содержащим призыв монарха к своим греко-католическим братьям по вере. Но и на этот раз кодекс остался ненайденным, пока в последний вечер накануне отъезда Тишендорф не был приглашен на прощальную трапезу к настоятелю монастыря. Во время беседы Тишендорф показал настоятелю экземпляр своего издания Септуагинты. В ответ на это святой отец сказал, что Тишендорфу было бы неплохо посмотреть и старую копию Септуагинты, которую он сам читает каждый день. Он снял с полки завернутый в красный платок пергамент — и Тишендорф с первого взгляда узнал в нем листки Codex Sinaticus, который он так долго и безуспешно искал. Он содержал не только другие 199 страниц Ветхого Завета, но и весь Новый Завет!
Что может испытать в такой момент ученый, держащий в руках манускрипт, по древности и по значению превосходящий все то, что ему довелось изучать за двадцать лет? Вне себя от радости, Тишендорф всю ночь провел за копированием частей манускрипта. После долгих колебаний манускрипт был отправлен к Тишендорфу в Каир и в конце концов подарен русскому царю. Тот в ответ подарил монастырю 9000 рублей (золотом) и целый ряд высоких наград. В 1933 году Великобритания купила этот драгоценный манускрипт у СССР за 100 000 фунтов стерлингов, и на Рождество того же года он был отправлен туда, где находится до сегодняшнего дня — в Британский музей в Лондоне. Так закончились его головокружительные приключения, начавшиеся с его написания в середине четвертого (!) века. Затем Тишендорф занялся третьим древним унциальным манускриптом — Codex Vaticanus. После некоторых проволочек он в 1866 году получил разрешение в течение 14 дней, по три часа в день, читать рукопись, с запретом что-либо из нее копировать или публиковать. И тем не менее Тишендорфу удалось извлечь из Ватиканского кодекса важный материал для своей новой публикации греческого Нового Завета. В 1868 году также вышло в свет издание Ватиканского кодекса (Нового Завета), предпринятое самими ватиканскими учеными. Таким образом, ученые получили в свое распоряжение две важнейшие рукописи Нового Завета, бывшие на сто лет старше всех использовавшихся ими до того времени манускриптов.
