В учении о Церкви, занимающем важное место в богословии святителя, тема единства звучит с предельной отчетливостью, выступая на первый план. Особо подчеркивается необходимость единения клира и мирян. Мирянам надлежит сливаться с «мыслью» (или «волей» — γνώμη) епископа, а пресвитерству быть созвучным с ним, как созвучны струны в кифаре, ибо в таком единомыслии (или единодушии — εν ττ| ομόνοια) и «в созвучии любви» (συνφώνω аушгд) прославляется Христос. Святитель говорит: «Составляйте из себя все до одного хор, чтобы, согласно настроенные в единомыслии заданным от Бога тоном единства, вы бы единым гласом возносили песню Отцу через Иисуса Христа, дабы Он услышал вас и по добрым делам вашим признал вас членами Своего Сына. Итак, полезно для вас быть в безупречном единстве (εν άμώνω ένόθητι), чтобы всегда сопричаствовать Богу» (Ефес. 4). В этом образе хора св. Игнатий концентрирует самую суть и своей, и вообще православной экклесиологии: все верующие составляют единый хор, «Регентом» которого является Бог. Однако такое единство всех верующих, клира и мирян, есть своего рода «неслиянное единение», ибо каждый в этом хоре имеет свою «партию». Тело Христово может здраво «функционировать», если каждый член Его выполняет свое назначение: рука не должна заменять голову, а нога — выполнять функцию руки. Единодушие и созвучие всех членов Церкви достигается в первую очередь послушанием мирян епископу и клиру; в этом послушании выражается повиновение христиан Богу — «Епископу всех» (των πάντων επισκοπώ — Магн. 3). Ибо «как Господь без Отца, будучи соединен [с Ним], ничего не делал ни Сам Собою, ни через Апостолов, так и вы ничего не делайте без епископов и пресвитеров» (Магн. 7). В то же время святой мученик подчеркивает, что «епископ не есть внешний начальник, владычествующий во имя начала власти. Он несет служение, и несет его в неразрывном единстве со всею Церковью. Внешним проявлением этого единства служит совет старейшин, окружающий епископа» (Флоровский Г. В. Указ. соч. с. 18). В целом, согласно св. Игнатию, церковная иерархия есть Божие установление, и к верующим он обращается так: «Почитайте диаконов как заповедь Иисуса Христа, а епископа как Иисуса Христа, Сына Отца; пресвитеров же как собрание Божие, как сонм Апостолов. Без них нет Церкви» (Трал. 3). Подобные призывы к единению членов Церкви постоянно встречаются в посланиях св. Игнатия. Причем характерно, что, увещевая таким образом верующих, святитель высказывает не свое «частное мнение», но изрекает «глас Божий». Он высказывается на сей счет вполне определенно: «Дух возвестил мне, говоря: без епископа ничего не делайте, блюдите плоть свою как храм Божий, любите единение, избегайте разделений, будьте подражателями Иисуса Христа, как Он есть [Подражатель] Отцу Своему» (Филад. 7).
