Внешняя история Третьего Вселенского Собора трагична. Он собирался в атмосфере взаимных подозрений, обид, непонимания. И снова, как и в арианской смуте, это было не только столкновение белого и черного — православия и ереси, но и действительное непонимание — из-за различий в оттенках мысли и употреблений слов. Снова «синтезу» должен был предшествовать длинный и мучительный «анализ», путь медленного согласования слов и традиций.
Восточные епископы, во главе с Иоанном Антиохийским, хотя и были взволнованы и испуганы теми крайними и задорными выводами, которые делал Несторий из привычных для них предпосылок, не из одной только дружбы к нему, выступили против Кирилла; язык Кирилла, его богословие пугало их гораздо больше, казалось им уже прямо неприемлемым. Его «12 анафематизмов» вызвали в Сирии целую бурю протестов и осуждений. Особенно резко высказывался против них Феодорит Кирский, светило антиохийского богословия. «Критика несторианства, развитая Св. Кириллом Александрийским, — пишет прот. Г. Флоровский, — не убеждала, но смущала «восточных». Не потому, что все они действительно впали в несторианскую крайность, но потому что боялись крайности противоположной. Нужно признаться — Св. Кирилл не умел найти бесспорных слов, не дал отчетливых определений. Это не значит, что его богословский опыт был смутным и двусмысленным. Но с богословской прозорливостью он не соединял того великого дара слова, которым так отличались великие Каппадокийцы». Особенно опасной (и впоследствии отвергнутой) была употреблявшаяся им богословская формула: «единая природа Бога Слова воплотившаяся», которую Кирилл считал цитатой из Афанасия Великого, но которая в действительности принадлежала осужденному уже Церковью Аполлинарию Лаодикийскому (последователи Аполлинария, чтобы распространять его взгляды, надписывали его произведения именами бесспорных авторитетов Церкви — играли на авторитете лица). Ее можно было понять, как отрицание во Христе человеческой природы, всецело «поглощенной» Божеством. Человек, по этому учению — так казалось восточным — не спасается, а сгорает в испепеляющем прикосновении к нему Божества. Поэтому понятно, почему восточные собирались в Ефес с волнением: не соглашаясь до конца с Несторием, они ехали обличить и осудить прежде всего «ереси» Кирилла. Несторий также ждал от собора торжественного осуждения Александрийца. Императорское письмо, созывавшее епископов в Ефес, было составлено в резких против Кирилла выражениях. «В сущности, — пишет монсиньор Дюшен, — собор был созван против Кирилла». И это нужно иметь в виду для правильной оценки поведения Александрийского архиепископа в Ефесе. Оно подвергалось критике даже в православной исторической науке (для которой Св. Кирилл — один из величайших Отцов и Учителей Церкви), не говоря уже о попытках попросту «реабилитировать» Нестория у протестантов. В современной литературе об Ефесе, Несторий очень часто выставляется мучеником, а Кирилл гонителем, осудившим заочно, без суда, без личной встречи, своего врага. Действительно, внешне поведение Кирилла может вызвать сомнения. Но нужно помнить, что, приехав в Ефес со своими епископами, он натолкнулся на очевидную поддержку Нестория со стороны императорских чиновников, которым была поручена организация собора. Кирилл хотел богословского решения, а готовилось его осуждение и низложение, и уже не по богословским, а по чисто «дисциплинарным» причинам, при открытом поощрении государственной власти.
