Юстиниан «ставил» на папство для восстановления своей власти на Западе. Папство же было непоколебимо в своей верности папе Льву и Халкидонскому Собору. Но на Востоке положение, которое застал он при своем воцарении, было диаметрально противоположным. В Египте Церковь принадлежала безраздельно монофизитам, в других провинциях сидели сторонники «Энотикона» — то есть полу-монофизиты. Антиохийскую Церковь возглавлял «мозг» всего монофизитского богословия — Севир. Юстин и Юстиниан начали с попытки насильственного возвращения имперского епископата к Халкидонской вере. Но новые епископы, назначенные и посвященные в Константинополе, должны были занимать свои кафедры с помощью полиции. Толпа бушевала, приходилось выселять целые монастыри, всюду раздавались проклятия «синодитам». Только Палестина в целом была православной, за исключением незначительного меньшинства. Но в Сирии, в Едессе, на окраинах Малой Азии Халкидонская иерархия насаждалась силой. Египет же вообще не посмели тронуть — туда и скрылся Севир Антиохийский и другие монофизитские вожди.
Но вскоре Юстиниан отказался от политики силы, чтобы, в свою очередь, начать политику компромисса. Обычно перемену эту приписывают влиянию его жены Феодоры, тайной монофизитки, неизменно оказывавшей помощь гонимым вождям ереси. Другие историки говорят о своеобразном разделении сфер между мужем и женой: поддержка Юстинианом православия, а Феодорой монофизитства были будто бы политическим маневром, сохранявшим единство Империи, позволявшим обоим течениям опираться на царскую власть. Так или иначе, но Юстиниан не мог не понимать всего грозного значения этого религиозного разделения, за которым все яснее вырисовывался «сепаратизм» древних национализмов.
С 531 г. он резко меняет курс. Изгнанным монахам позволено вернуться в свои монастыри. Огромное количество их поселяются рядом со дворцом самого Императора, где, в течение десятилетий, они будут составлять центр тайных монофизитских интриг вокруг Феодоры. Но Император все еще надеется на богословский сговор. В 533 г. он устраивает трехдневный диспут с участием двенадцати богословов — по шести с каждой стороны. Несмотря на мирный тон и высокий богословский уровень спора, диспут кончается ничем. Вскоре после этого Феодоре даже удается провести в Константинопольские патриархи некоего Анфима, почти открытого монофизита. Встреча с Севиром Антиохийским, которого Императору удалось выманить из Египта тоже для богословских диспутов, завершает его обращение. Но в это время в Константинополе появляется сам римский папа Агапит. Ересь патриарха вскрывается, он исчезает — и на его место рукою папы возводится православный Мина. Юстиниан снова меняет курс. Эдиктом 536 г. монофизитство еще раз торжественно осуждено, книги Севира Антиохийского изъяты из обращения, вход в столицу запрещен еретикам. Он решается даже на более решительный шаг: после стольких лет почти официального признания монофизитской иерархии в Египте, туда посылается теперь православный епископ, — с неограниченными полномочиями. По всей стране снова прокатывается волна террора…
