После нашествия монголов и перенесения митрополии на север некоторые епархии были упразднены, как-то: Черниговская, Переяславская, Белогородская и Юрьевская; Владимирская вошла в состав епархии митрополита. Другие — Холмская, Брянская вместо Черниговской, Коломенская, Луцкая, Звенигородская, Сарайская — открылись вновь; с возвышением княжества Тверского и Суздальского в них появились новые отдельные епархии — в Твери около 1271 года, в Суздале около 1347; по случаю распространения христианства на северо-востоке открыта епархия в Перми (1383 год). Всех епархий было 18, из них 9 на севере и 9 на юге. После ослабления власти удельных князей с XIV века епархиальных епископов все чаще и чаще стали назначать прямо из Москвы. Избрание их происходило здесь на соборе всех епископов, которые или лично являлись по зову митрополита, или изъявляли свое согласие на соборное избрание повольными грамотами. Собор избирал троих кандидатов на вакантное место, а митрополит окончательно избирал из них одного, который и был поставляем. В XV веке такой порядок замещения епископских кафедр, без избрания местного князя и народа, утвердился окончательно и обстоятельно изложен в чине поставления епископа 1423 года. Епископы по-прежнему стояли во главе удельных событий, но, потеряв прежнее выборное значение, стали постепенно терять свои местные симпатии, тянуть к одному общему центру, где стоял стол великого князя и кафедра их общего отца митрополита. Примеры произвольного суда над иерархами встречаем только в начале описываемого времени или в местностях, где еще уцелел старый вечевой уклад. В 1388 году ростовцы выгнали от себя святого Иакова по ложному подозрению в нечистой жизни. В Муроме народ восстал на своего епископа святого Василия по такому же подозрению и заставил его удалиться в Рязань; с этого времени (конца XIII века) муромская епископия утвердилась в Рязани. В 1424 году новгородцы выгнали владыку Феодосия единственно за то, что он был «шестник», пришелец, а не свой новогородец, хотя сами же его выбрали два года назад. Кроме таких исключительных случаев, суд над епископами постоянно принадлежал власти митрополита и собора епископов. В настольных грамотах епископы обязывались во всем повиноваться первосвятителю, наблюдать его пошлины в своем пределе и являться к нему по первому зову для суда или для участия на соборах. Все они величали его «отцом», а за название «братом» подвергались от него выговору.
