Буйная фантазия молодого императора рисовала возрожденную Римскую империю как некое административное целое в составе Италии (Северной и Средней, включавшей Папскую область и Рим), южноитальянских византийских областей и Германии. Другие западно– и центральноевропейские страны должны были окружать эту империю как ее «друзья» и «союзники» (amici et socii populi Romani), одни на положении полузависимых (Бургундия, Венгрия, Польша, Дания), другие как «друзья», лишенные самостоятельности и признающие верховенство императора. Во главе этих союзных и зависимых государств будут стоять соправители (subregili) и императорские патриции. Папе отводилась (по древнеримской и византийской традиции) роль помощника императора по управлению церковью. По примеру императора Константина 1 Оттон III присутствовал и нередко председательствовал на церковных соборах и подписывался вместе с папой на их постановлениях. В 998 г. под его председательством проходил «общий синод» в Риме с участием не только итальянских и немецких, но и некоторых французских епископов. Этот синод, помимо прочих вопросов, занимался брачным делом французского короля Роберта. Ему было предложено оставить свою незаконную жену Берту, с которой он находился в кровном родстве, и в течение семи лет отбывать положенное церковное наказание. Этот факт свидетельствует, что господство, императора над церковью давало ему возможность вмешиваться в дела других государств и нарушать их независимость.
В осуществлении своих имперских и церковных планов Оттон III нашел верного союзника в лице Герберта, возведенного им в 999 г. на папский престол под символическим именем Сильвестра II (Сильвестр I был римским епископом во времена императора Константина Великого). Став папой, он рьяно поддерживал политику Оттона III, направленную на возвышение западной церкви. Если он и разделял идеалистические мечтания Оттона III о всемирной державе, то реально оценивал прежде всего те выгоды, которые несла эта политика для будущего католической церкви. Ведь в объективно историческом смысле универсалистские устремления Оттона III, в которых церкви отводилась роль помощника государства, должны были привести к торжеству мировых притязаний церкви и папства. Политика Оттона III прежде всего способствовала усилению церкви в Италии и возвышению папства.
Как и его предшественники, Оттон III применял в Италии методы военного господства и жестокого подавления всяких попыток избавиться от чужеземной власти. Но одним террором нельзя было править страной, и Оттон III с его помощниками и советниками продолжали создавать опору немецкому господству в Италии. Так, на епископские кафедры назначались выходцы из Германии и пронемецки настроенные представители итальянского духовенства, им раздавали земли и оказывали покровительство в столкновениях со светскими феодалами. К тому времени церковная собственность оказалась во многих случаях в руках дворян в качестве ленов и чиншевых владений, за которые они отказывались давать положенные взносы. В 998 г. император по просьбе прелатов издал капитулярий, который предписывал, чтобы все либеллярные сделки, в результате которых церковные земли оказывались в руках светских владетелей, были аннулированы и земля возвращена церкви и чтобы тем самым «богу и нам были возвращены положенные повинности»
