После окончательного подавления самурайского сопротивления центральной власти и стабилизации внутреннего положения в Стране восходящего солнца японцы возобновили заселение Южного Сахалина, образовав там ряд поселков. У местных жителей айнов были захвачены все рыбные ловли. В ответ на это российские власти укрепили старые и основали ряд новых военных постов, в том числе Корсаковский. На остров прибыли новые партии ссыльнокаторжных.
Однако назревавшему конфликту не суждено было быть. В апреле 1875 года в Санкт-Петербурге японский посланник в России Эномото Такзаки подписал договор, по которому Сахалин полностью переходил к России в обмен на принадлежавшие ей 18 островов северной и центральной части Курильской гряды. Японским судам давалось право рыбной ловли в водах Сахалина, Камчатки и Охотского моря. В порту Корсаков учреждалось японское консульство. Японцам, поселившимся на Сахалине, давалась возможность остаться там, но при условии подчинения законам владеющей островом страны.
7 сентября 1875 года в знак утверждения прав Российской державы на весь остров Сахалин в Корсаковском порту в торжественной обстановке был поднят русский флаг. Акт обмена Сахалина на российскую часть Курильской гряды свидетельствовал прежде всего о стремлении России по-добрососедски строить свои отношения с Японией.
В сознании японцев, касты самураев, правящих кругов страны начинает превалировать мысль о том, что задача немедленного изгнания любых иностранцев из пределов Японии становится просто невозможной. Постепенно утверждается противоположный взгляд на собственную историю: чтобы стать действительно сильным государством, хотя бы в нескором будущем, необходимо заимствовать у иностранцев все то, что делало их сильными и уверенными в себе. Так начинал изменяться менталитет целого народа — многочисленного, трудолюбивого, склонного к организованности и самодисциплине и воинственного, как свидетельствует национальная история.
В такой внутриполитической ситуации японский император начинает борьбу с феодальным правительством сиогуна за возвращение себе подлинной власти в стране. В апреле 1863 года микадо вызывает сиогуна Токугаву к себе во дворец, в город Киото, для объяснений.
Таким образом, впервые за двухвековой промежуток истории Японии сиогун предстал перед истинным, обожествленным государем Страны восходящего солнца. Среди прочего всесильному до того сиогуну было указано, что международные договоры получают полное и окончательное одобрение не им, а лично микадо.
