Однако земля под строительство была отобрана японскими чиновниками у местных крестьян, что вызвало их крайнее недовольство. Обезземеленных крестьян поддержали вооруженные цусимские пограничные стражники. Произошло столкновение, в ходе которого русскими моряками был убит один из нападавших, а несколько стражников попали в плен. Об этом стало известно в столице Японии.
В августе того же года капитан-лейтенант Бирюлев оказал нажим на князя Цусимы и тот выдал письменное согласие сохранить «военно-морскую станцию» России в своих владениях, но при условии, если правительство микадо не будет против. Однако этому воспротивилось не только японское правительство, но и британский консул на Цусиме. Санкт-Петербург решил отозвать русский корабль с островов Цусима, и этим инцидент был исчерпан. Ответственность за него российское правительство возложило на Лихачева, который был заменен на посту командующего русской эскадрой в Тихом океане контр-адмиралом А.А. Поповым.
Однако налаживать добрососедские отношения России с Японией требовало само время. И прежде всего по вопросу о Сахалине. Было одно немаловажное обстоятельство для скорейшего решения сахалинской проблемы: в 1867 году Россия продала Соединенным Штатам Русскую Америку (Аляску) и Алеутские острова. Теперь она стала стремиться закрепить за собой те территории Дальнего Востока, которые еще никому не принадлежали — Приамурье и Уссурийский край, а также остров Сахалин. Иеддская конвенция своим пунктом о возможности обмена островными территориями способствовала решению этой проблемы.
Такой фактический обмен состоялся уже вскоре после заключения Иеддской конвенции — через 8 лет, по Иеддскому договору 10 августа 1875 года. Особую активность здесь проявил японский посол в России Буйо Эно-мото, выполнявший поручение своего правительства; острова Курильской гряды отходили к Японии, а южная часть острова Сахалин переходила в административное подчинение губернатору Приамурского края. Но это было лишь констатацией свершившегося факта: не японцы, а русские вели в те годы хозяйственное освоение Сахалина.
Царское правительство с 1867 года приступило к систематическому заселению отдаленного острова ссыльнокаторжными. Превращение Сахалина в место российской ссылки и каторги привело к сокращению количества свободных поселенцев, что в итоге заметно тормозило экономическое развитие огромного по площади и природным богатствам острова.
Через двадцать лет, в 1894 году, русскому вице-консулу в городе Хакодате пришлось писать своему послу в Токио по поводу такой «курильской» уступки российского правительства следующие строки:
