Прежде всего, можно отметить исчезновение аппарата Совета безопасности как одного из центров влияния на политические процессы в России. Вес аппарата СБ определяется, прежде всего, фигурами, занимавшими в нем ключевые посты. Одновременный уход секретаря СБ Сергея Иванова и трех его заместителей (Алексей Московский, Владимир Васильев и Михаил Фрадков) фактически вывел этот институт на обочину власти.
До назначения Иванова секретарем аппарат СБ выступал как своеобразный «отстойник» для силовиков, по разным причинам покинувших свои профильные ведомства, карьера которых дала серьезный сбой. С уходом Иванова такая практика возобновилась. Кроме самого Владимира Рушайло, назначеннного, как известно, вместо Иванова, в список отставных генералов, откомандированных в Совбез, попал только бывший руководитель ФСНП Вячеслав Солтаганов.
Назначение Сергея Иванова министром обороны РФ привело к тому, что с поста «все контролирующего и ни за что не отвечающего» секретаря Совбеза, он был «брошен» на конкретный и достаточно проблемный участок работы. К тому же, назначение новым министром обороны страны представителя генералитета не могло решить проблемы, так как в ходе последних расследований Главной военной прокуратуры выяснилось, что многие генералы Минобороны коррумпированы. Фактически, назначение Иванова привело к оттеснению многих претендентов на этот пост — и армейских (например, Анатолий Квашнин) и лоббистов (в первую очередь — Илья Клебанов).
Масштабные перестановки в министерстве обороны говорили о серьезном подходе к реформированию армии. Иванов получил заместителей по финансам (бывший заместитель министра финансов Любовь Куделина), вооружениям (заместитель секретаря СБ Алексей Московский) и общим вопросам (командующий Московским военным округом Игорь Пузанов).
Уход Иванова из Совбеза и назначение туда Рушайло фактически положило конец существованию властного центра, альтернативного Администрации Президента (АП). Очевидно, что контроль над региональной политикой оказался полностью сконцентрирован в Администрации и полпреды утратили возможность готовить решения Президента через аппарат Совбеза в обход АП. Таким образом уход Сергея Иванова в Министерство обороны автоматически принес очевидные выгоды руководителю Администрации Президента РФ Александру Волошину, конкурент которого (в лице аппарата СБ) фактически исчез. Одновременно ослабели аппараты полпредов.
Тем не менее, отставка Рушайло с поста министра внутренних дел нанесла по позициям Волошина серьезный удар. То есть, с достаточной степенью условности можно отметить некоторый размен, при котором Волошин в значительной степени утратил контроль над МВД. Известно, что при Рушайло Волошин достаточно эффективно контролировал министерство, например, жестко регулировал процесс создания Комитетов криминальной милиции в регионах.
