Историки, в свою очередь, пытались привить Кагарлицкому интерес к народнической и анархической идеологии. Федералисты спорили с Кагарлицким по вопросам истории России XX века, поскольку в этих вопросах считали себя профессионалами. Они не соглашались с троцкистской точкой зрения о том, что бюрократическая диктатура в СССР возникла в 20-е годы, полагая, что большевистская диктатура также являлась бюрократической и принципиально не отличается от сталинской. События 20-х – 30-х годов федералисты в отличие от Кагарлицкого оценивали не как победу бюрократии, а как победу одной фракции бюрократии над другими. Не соглашались историки и с идеей о мелкобуржуазных корнях тоталитаризма. Сам термин «мелкая буржуазия» их уже не устраивал, поскольку крестьянство («мелкая буржуазия») качественно отличалось от буржуазии. Историки отрицали и благотворность коммунистической модернизации.
Через Клуб социальных инициатив молодые историки вышли также на своего старшего коллегу С. Харламова, бывшего преподавателя истории КПСС, потерявшего работу из-за интереса к ее «белым пятнам». Он за несколько лекций познакомил своих новых знакомых с подробностями истории КПСС, к которым большая наука смогла что-то добавить только после 1991 года.
Постепенно между общинниками и группой Кагарлицкого усилились идейные противоречия. «Общинники» отрицали парламентскую форму демократии и считали взгляды Кагарлицкого слишком близкими правой социал-демократии. Однако дело было не только в идейных разногласиях. Но тесное деловое сотрудничество (при нарастающем соперничестве) продолжалось еще год.
Вспоминает Б. Кагарлицкий: «Оказалось, что „Община“ является куда более плотным образованием, чем полагается в соответствии с ее собственной идеологией. Есть Исаев и Шубин со своими очень сложными отношениями, в которых я, несмотря на все попытки, так и не смог разобраться. Мне тогда было легче общаться с Исаевым, потому что Шубин был жестче в идеологическом смысле. Они жестко контролируют группу с очень сильным командным духом, интенсивной внутренней жизнью – не пробьешься. Черная дыра – затягивает информацию, а назад – ничего. Клуб социальных инициатив был очень разношерстным, а „Община“ – очень консолидированным ядром. Казалось, что ребята хотят доминировать, потому что они лучше организованы. Я тогда считал, что человек с большим опытом должен играть более важную роль, что „общинники“, естественно, не признавали. И конфликт в этом отношении был совершенно неизбежен».
