Ингольштадтский университет сыграл неблаговидную роль в пору Реформации, когда здешняя профессура резко выступила против Лютера и его сторонников. Затем больше двух столетий это почтенное заведение находилось под влиянием иезуитов. В 1800 году Максимилиан-Иосиф, еще будучи курфюрстом, распорядился перевести все кафедры в ближайший к столице город Ландсхут, но вскоре и это показалось недостаточным, поэтому в 1826 году университет обосновался в Мюнхене, получив название в честь отцов-основателей: Людвига I и Максимилиана I.
Через 15 лет «форум наук», как именовал свое детище Людвиг, обрел здание, построенное в духе классического романтизма Фридрихом фон Гертнером. В начале следующего века к большому корпусу добавился малый, построенный на Амалиенштрассе, с элегантным модернистским фасадом и внутренним двором.
В начале следующего века Мюнхенский университет существенно расширился. В 1913 году в его состав вошла ветеринарная школа, на базе которой был открыт ветеринарный факультет. После Первой мировой войны, падения империи и провозглашения Веймарской республики профессора использовали кафедры для нападок на демократию в ее германском варианте. Несмотря на убедительные доводы лекторов, студенты воспринимали такие проповеди как реакционный вздор и внимательно прислушивались к призывам активистов Национал-социалистической партии. С приходом к власти Гитлера университетские профессора в общем поддержали его, но, как вспоминал доктор теологии Иосиф Пашер, «среди множества сияющих лиц, на которых издали читалась надежда на тысячелетний Германский рейх, некоторые не скрывали озабоченности, а отдельные персоны испытывали страх».
Проявив равнодушие в мирные годы, с началом войны студенты и преподаватели выступали против диктатуры, сначала изредка и тайно, а затем часто и открыто. Об одной из многих проходивших здесь акций напоминают листовки у главного входа во двор корпуса на Амалиенштрассе и ближайшая площадь Гешвистер-Шольплац. Будущий медик Ханс Шолль вместе с сестрой, будущим философом Софией Шолль, принадлежал к подпольной группе сопротивления «Белая роза», созданной при университете примерно в середине войны, когда немцы предчувствовали поражение. Члены организации печатали и распространяли тексты проповедей мюнстерского архиепископа фон Галена, пытавшегося развенчать расовую доктрину нацистов. Зимой 1943 года содержание листовок стало особенно резким, поскольку в них указывалось на Гитлера как на главного виновника сталинградской трагедии. Молодые люди призывали к восстанию и начали выступать открыто, разбрасывая листовки прямо в университетских аудиториях. После того как в Мюнхене прошла организованная ими студенческая манифестация, гестапо арестовало троих участников, в том числе брата и сестру Шолль. После нескольких дней допросов и пыток они были приговорены к смерти и вечером того же дня обезглавлены.
