В январе Борис поступает в Александровское военное училище в Москве, ускоренный курс которого заканчивает через полгода. По окончании обучения Иванова отправляют в г. Новониколаевск (Ныне Новосибирск.) в 21-й Сибирский стрелковый полк. С декабря 1915 года он на Западном фронте, помощник командира пулеметной команды 59-го Сибирского стрелкового полка 2-й армии. В январе — июне 1917 года Борис слушатель Смоленских офицерских саперных курсов, окончив которые возвращается в свой полк на прежнюю должность. Последнее его звание в старой армии — штабс-капитан.
После Февральской революции Иванова выбирают председателем комитета 15-й Сибирской стрелковой дивизии на Западном фронте, председателем бюро Главного штаба Красной Гвардии. С декабря 1917 по март 1918 год Иванов сначала в Смоленске, работает в Совете солдатских и рабочих депутатов, занимает должность военкома, помощника командующего войск Минского военного округа, потом командует Западным участком войск Завесы.
В апреле — сентябре 1918 года Иванов помощник командующего войсками Самарско-Оренбургского фронта, и там же чрезвычайный комиссар железной дороги. С октября 1918 по август 1919 год он командует войсками Закаспийского фронта, затем помощник командующего и начальник Главного штаба Туркестанского фронта.
1 мая 1919 года парторганизация Первого Боевого поезда Красной Армии принимает его в РКП(б). С августа по ноябрь 1919 года Ивано военный атташе полпредства сначала в Бухаре, затем РСФСР в Афганистане в городе Кабуле. А с января 1920 года — слушатель Академии Генерального штаба. В период гражданской войны, да и позднее слушателей военно-учебных заведений нередко откомандировывали на фронт или с особыми заданиями за рубеж. И Борис Иванов не стал исключением. С октября по декабрь 1920 года он был начальником штаба Морской экспедиционной дивизии на Врангелевском фронте, когда начался Кронштадтский мятеж, он и ещё 11 слушателей академии 3 марта 1921 года были направлены в распоряжение Л. Троцкого. Сначала Иванов состоял для поручений при командующем Южной группы, а в период подавления мятежа возглавлял Полевой штаб Кронштадтской группы. За отличия при штурме фортов и крепости Борисра 16 апреля 1921 года был нагжден орденом Красного Знамени, а впоследствии и знаком «Почетного чекиста». В июле 1921-го Бориса Иванова вновь отзывают, на этот раз со старшего курса Академии Генерального штаба и переводят в распоряжение Разведупра Штаба РККА «для выполнения специальных заданий». Путь его лежит во Францию.
