В Разведупре Ян Карлович прослужил всю оставшуюся жизнь — правда, оставалось ему очень недолго. С первых же дней он поставил перед разведчиками задачу: составить перспективный план разведывательной деятельности в канун войны. Побывав в Испании, он теперь не сомневался — война неизбежна. Основное направление работы — Германия. С первых же дней он занялся и кадрами. Надо было провести «инвентаризацию» — посмотреть положение старых кадров, познакомиться с новыми. Приезжающие в Москву на переподготовку нелегалы неизменно представлялись «Старику». Нагрузка была очень большой, тем более, что в это время в Разведупре была упразднена аналитическая служба, и теперь осмысление поступающие информации ложилось, в основном, на начальника. Берзин всерьез задумался о том, что разведке нужна настоящая аналитическая служба. Очень нужна. И еще многое нужно разведке.
Но ничего из задуманного он осуществить не успел. 28 ноября 1937 года Ян Берзин был арестован НКВД.
Вспоминает Аврора Санчес: «Меня взяли на машине и привезли туда, на Дзержинскую. Поднялись наверх. Там мужчина, фамилия его, если правильно мне назвали — Фриновский. Не знаю, правильно или нет… И меня все спрашивали и спрашивали. Потом я говорю: „Жив он, я буду ждать, если нет, то я хочу домой в Испанию“. А он сказал: „Нет его. Уже нет. Нету“. .. Мне сказали, ты свободна и можешь делать все, что хочешь. Замуж хочешь выйти — пожалуйста. А потом, когда уже кончилась война в Испании, в НКВД мне сказали: „Мы можем тебя отправить домой“. Я говорю: „Сейчас я не могу ехать“…
Тогдашний замнаркома НКВД Фриновский солгал — Ян Берзин был жив до 29 июля 1938 года. Аврора осталась в СССР, еще раз вышла замуж. В конце 1939 года к ней приехали из Испании сестры. Сын Берзина, Андрей, во время войны сражался в Латышской дивизии и пал смертью храбрых.
Латышский поэт Эйжен Веверис, который сидел в Маутхаузене вместе с Л. Е. Маневичем, так передавал его рассказы о Я. К. Берзине: «Я почти не знал его как начальника. Для меня он всегда был „Стариком“ — очень близким и очень умным советчиком. Он никогда не выделял себя из рядов наших товарищей. Ни манерой разговора, ни поведения. Зато выделялся главным: умением слушать. Вникать в твои мысли и потом, только потом, дать добрый совет. „Старик“ не терпел зазнайства. Часто повторял, что наш враг — умен и хитер, что он имеет огромный опыт. Победить его можно только своим умом, своим мужеством и находчивостью, глубоким анализом происходящих в мире явлений… Мне всегда казалось, что он знал о мире всё. И в редкие наши встречи очень щедро делился этими знаниями».
