Может быть, другого человека суровые испытания заставили бы изменить взгляды на жизнь, но с Петером этого не произошло. Более того, общение в заключении с профессиональными революционерами только укрепило его веру. Выйдя осенью 1909 году из тюрьмы, он тут же включается в нелегальную партийную работу. Под несколькими псевдонимами, среди которых и «Павел Иванович», он занимается агитационно-пропагандистской работой в Риге. В августе 1911 году — новый арест, ссылка на поселение в Иркутскую губернию, откуда весной 1914 году он бежал, использовав чужие документы на имя Яна Карловича Берзина. С тех пор за Петером Кюзисом закрепилось это имя, хотя иногда его называли и Павлом Ивановичем Берзиным.
Во время войны, в 1915, Ян призван в армию и вел партийную работу на Северо-западном фронте. Спасаясь от преследования, он в 1916 году перебирается в Петроград, и устраивается на завод слесарем, продолжает революционную работу. В Октябрьские дни вместе с латышскими красными стрелками участвовал во взятии Зимнего дворца, входил в состав партийных комитетов Выборгского района и всего Петрограда. После Октября работал в ВЧК у Ф. Э. Дзержинского, участвовал в подавлении выступления эсеров в Москве, в разгроме мятежа в Ярославле. Затем работал в наркомате внутренних дел секретарем местного отдела управления делами, членом редколлегии «Вестника НКВД РСФСР».
В марте 1919 году он вернулся в ставшую советской Латвию на пост товарища наркома внутренних дел. Но здесь ему пришлось поработать лишь два месяца. Уже в мае Ригу захватили интервенты. А в июле начинается служба Берзина в Красной Армии. Он назначается начальником политотдела 11-й Петроградской стрелковой дивизии, затем начальником Особого отдела ВЧК Армии Советской Латвии, которая стала позднее 15-й армией (август 1919 — ноябрь 1920). С этой армией он участвовал в боях на петроградском направлении, а с весны 1920 в составе Западного фронта, которым командовал М. Н. Тухачевский, дошел почти до Варшавы. При отступлении Красной Армии выполнял задание Дзержинского по эвакуации войск из Белостока. Незадолго до расформирования 15-й армии «Железный Феликс» рекомендует его на работу в Региструпр Полевого штаба РВСР (потом Разведупр, Разведотдел Штаба РККА).
В течение года он возглавляет ключевой — агентурный отдел управления, который назывался тогда оперативным, а в декабре 1921 года становится заместителем начальника советской военной разведки. В этот период, как уже говорилось, начинается становление военной разведки, на работу в центральный аппарат приходят люди имеющие опыт разведывательной работы в период гражданской войны, постепенно стабилизируется личный состав.
