Ханы чоросов создали Джунгарское ханство в долине Черного Иртыша, Урунгу, Имила и Или, поддерживая контакты с Монголией и оказывая также влияние на дэрбэтов и хойтов. Самым прославленным их правителем стал Галдан, стремившийся создать в Центральной Азии новую империю.
Он занял не только Джунгарию к северу от Тянь-Шаня, но и Кашгар к югу от него, где расправился с последними правителями рода Джагатая. Галдан простер свое влияние до Орхона, Туула и Керулена, вероятно намереваясь возродить величие Чингисхана. Но недалеко от Пекина его продвижение было остановлено императором Канси, у которого в распоряжении были пушки, производимые под руководством иезуитов.
В 1695 г. Галдан вновь напал на Китай, собираясь подчинить себе монголов-корчинов в Северной Маньчжурии. Но корчины сообщили о его планах императору. Военачальник Канси, Фэй Янгу, в 1696 г. с помощью артиллерии и мушкетов разгромил силы Галдана в битве при Чао Модо близ Урги (ныне Улан-Батор).
Канси собирался отогнать джунгарцев за Тарбагатай, но в 1697 г. ему сообщили о смерти Галдана.
Восточные монголы, избавленные от власти Галдана, благосклонно приняли китайских чиновников и гарнизон, размещенный в Урге. Китайцы позволили монголам в Северной Монголии и в Ордосе сохранить некоторую самостоятельность. На протяжении XVIII века джунгарские ханы продолжали воевать с китайцами, пока император Цяньлун не завоевал в 1757 г. долину Или, а в 1758 г. Кашгар. Тем временем Россия включила в свой состав многие земли Средней Азии и Сибири до Амура, где русские встретились с китайцами, заключив в 1685 г. Нерчинский договор о разделе территорий. Начиная с конца XVIII века империя Цин клонилась к упадку, но монголы не сумели воспользоваться этим – во многом из-за растущего влияния России. Они оставались вассалами Цин до падения этой династии в 1912 г.
Военную мощь монголов начиная с XV века сдерживало огнестрельное оружие в руках китайцев и русских.
Находясь в отдаленных районах северной Центральной Азии, они не могли приобрести или изготовлять новые типы оружия. В этом отношении им повезло куда меньше, чем туркам, которые в то время, когда распадалась Золотая Орда, стали ведущей военной силой в Западной Азии и Восточной Европе.
Другой причиной упадка их военной доблести можно назвать обращение в буддизм ламаистского толка. Вместо того чтобы становиться воинами, многие монголы становились ламами. Весьма примечателен тот факт, что на месте Каракорума позднее располагался монастырь Эрдени-Цу, основанный в 1586 г., – на протяжении нескольких веков основной центр монгольского буддизма.
