К концу его правления население Китая поделили на четыре категории по привилегиям: первыми шли монголы, вторыми сэмужэнь и другие иностранцы-чиновники, третьими хань-жэнь, или северные китайцы; последними шли нань-жэнь, или южные китайцы.
В 1271 г., когда было официально объявлено о начале династии Юань, Хубилай ввел новый порядок, разработанный Яо Шу и называвшийся «государственным порядком».
В то же время Лю Бинчжун и Ху Хэн провели централизованную административную реформу. Отныне верховный суд имел отделения во всех одиннадцати больших провинциях, где они заменили прежних наместников. Такие же отделения имелись и у военного совета, подчинявшегося великому хану и цензору, который наблюдал за законностью во всех ветвях власти. К прежним провинциям добавили Южную Монголию, Южную Маньчжурию, Корею и Юньнань (на месте царства Дали). Армию поделили на две группы: «сувэй», в которую входили лучшие монгольские войска и иноземная стража дворца и столиц провинций; и «чэньшу» – войска провинций и границ под командованием монголов, наблюдавших также за порядком. Обычно монголов не набирали в регулярную армию, но многих вербовали как наемников и еще больше были вынуждены тем или иным образом служить в войсках.
Для официальных документов, монет и надписей Хубилай ввел особый алфавит, разработанный тибетским ламой Пхагспой. Этому новому письму не удалось вытеснить традиционное китайское и уйгурское, и вскоре после смерти Хубилая оно вышло из употребления. Высшие чиновники говорили прежде всего на монгольском языке, а сэмужэнь также на персидском и тюркском. Марко Поло обходился этими тремя языками и, по всей видимости, никогда не учил китайский.
Что касается религии, то были учреждены особые министерства буддизма, даосизма, ислама, христианства и конфуцианства. Признавали также иудеев и манихеев. Изначальный монгольский шаманизм, а также магические культы Тибета и Кашмира оставались исключительно в рамках двора.
Сам Хубилай весьма почитал буддизм, не говоря уже о том, что передал Тибет под управление лам.
Он, как и последующие правители, выделял большие средства на постройки храмов и монастырей. При нем тибетские ламы стали привилегированным классом, который многие ненавидели за высокомерие и жадность. В 1260 г. лама Пхагспа был назначен Учителем Царства («го ши»). До возвращения в Тибет в 1274 г. ему удалось настолько укоренить буддизм среди монголов, что эта религия надолго пережила династию Юань. По требованию ламы Хубилай лишил привилегий приверженцев даосизма, которые те получили при Чингисхане по совету Чжан Чуна.
