Два флота должны были отплыть из Кореи и из Янцзы и встретиться у небольшого острова близ Кюсю. После внутренних стычек между командующими и кровавых, но не решающих сражений с японцами налетел тайфун и разрушил большинство кораблей. Командирам удалось спастись, вернуться и даже получить прощение, но их войска остались без снаряжения и попали в плен. Около 30000 монгольских воинов были казнены или обращены в рабство.
Очередная экспедиция намечалась на 1286 г., но обстоятельства воспрепятствовали ее отправке. Так цепь неудачных для монголов, но счастливых для японцев случайностей помешала осуществить захват Японии.
На юге Хубилай намеревался утвердить власть монголов от Дали до царств Юго-Восточной Азии.
За исключением Аннама, где была распространена китайская культура, эти государства входили в сферу индийской культуры, религии и искусства. Хотя их правители не были индийцами, они носили индийские имена и исповедовали индуизм или буддизм. Аннам и Чампа располагались на территории современного Вьетнама, а Мьен – на территории современной Бирмы (Мьянмы) и Таиланда.
В ходе кампаний 1252-1258 гг. монголы достигли границы Аннама и навязали его царю, Трану Таитонгу, своего советника. Тран Таитонг, откупившись от завоевателей на севере, напал на Чампу и сделал его вассальным государством. Ему не нравились условия договора с Хубилаем, и он постоянно старался их изменить вплоть до самой смерти в 1276 г.
Его сменил его сын Тран Тханхтонг, который не захотел лично оказать почтение Хубилаю.
От правителя Чампы, Индравармана V, Хубилай получил формальные заверения покорности. Но в 1280 г. царь объявил себя слишком старым для того, чтобы ехать на принесение присяги, и тогда Хубилай приказал своему полководцу Сугету сделать Чампу обычной провинцией.
Сын Индравармана, позже ставший правителем Джая Синхаварманом III, задержал нескольких монгольских послов, которые направлялись дальше на юг требовать покорности от государств Сьен и Малабар в Индии.
В 1283 г. армия Чампы встретилась в жестокой битве с монголами посреди джунглей. Монголы победили и захватили крепость My Чен. Но голод и лихорадка вынудили их отступить.
Другая экспедиция во главе с Сугету и сыном Хубилая Тоганом вторглась в Аннам, но из-за недостатка продовольствия была вынуждена вернуться, и на обратном пути ее атаковали войска Аннама. Половина монголов погибла вместе с Сугету.
В 1287 г., несмотря на полученную дань от Аннама, Чампы и Камбоджи, Хубилай снова напал на Аннам 100-тысячной армией, набранной в основном из китайцев. Ханой пал, но царю удалось сбежать, а флот, посланный на подмогу монголам, был разбит. Армии пришлось вернуться в Сычуань, причем по пути она вступала в стычки с аннамскими войсками с многочисленными потерями.
