В 1216 г. Чингисхан вернулся в Монголию, чтобы проследить за порядком в Северной Монголии и на завоеванных территориях каракиданей. Сын наймана Таян-хана Кучлук сбежал в 1208 г. к гурхану Чжулху и взял в жены его дочь. В 1211 г. он сверг Чилуку и захватил власть над центральной частью его царства, предоставив войскам хорезмшаха Мухаммеда захватывать западную его часть. По уговорам своей жены он принял буддизм и стал преследовать мусульман. Вознамерившись завоевать весь Каракитай, он с переменным успехом воевал с хорезмийцами. В 1217 г. Чингисхан послал на запад Джебе с 20000 монголов. Благодаря политике веротерпимости Джебе добился благорасположения мусульман и стал преследовать Кучлука до гор Бадахшана, пока не схватил его и не обезглавил. Теперь границы монгольской империи дошли до Памира и Сырдарьи. Дальше располагалось государство Хорезм.
Тем временем Чингисхан по совету Елюя Чуцая провел административные реформы на завоеванных территориях. Монгольские военачальники предлагали перебить основную часть населения Северного Китая и отдать эти земли под пастбища. Елюй Чуцай доказал, что благодаря налогам на землю и торговле солью и железом можно получить гораздо больше прибыли, и тем самым спас многие десятки тысяч жизней. Чингисхан позволил ему воплотить эти планы в жизнь и для начала ввел общий подушный налог. Он учредил центральную канцелярию во главе с Елюем Чуцаем и принимал туда на службу способных китайцев, уйгуров, а позже и мусульман из Средней Азии.
К тому времени государство тюркских хорезмшахов, расположенное к востоку от государства каракитаев, достигло своего наивысшего развития. Его основали Азиз, умерший в 1156 г., и его преемник Такаш, выгнав из Средней Азии своих бывших хозяев сельджуков и подчинив земли к северу от Амударьи и Хорасан. При этом Такаш не стал воевать с каракитаями, справедливо рассматривая их как защиту от восточных кочевников. Его сын Мухаммед, пришедший к власти в 1200 г. и называвший себя «мечом ислама», оказался менее благоразумным.
Он с удовольствием наблюдал, как Кучлук сверг гурхана, а позже воевал с ним как с неверным. На севере своей страны он с 60-тысячным войском встретил 20-тысячное войско монголов во главе с Субудэем, посланным разделаться с остатками меркитов. Мухаммед напал на неверных, но добиться перевеса в битве ему не удалось.
Мухаммед присоединил к своему государству большую часть Афганистана и часть Северной Индии. Он даже пытался оказывать воздействие на своего духовного покровителя, багдадского халифа Назира, надеясь в будущем лишить светской власти и его. Воинственность Мухаммеда на самом деле только ослабляла Хорезм и расшатывала позиции ислама во всей Азии. Ослаблению способствовала и длительная вражда Мухаммеда со своей склочной матерью, кипчакской царевной Турхан-ханум и с поддерживающими ее караханидами. Иранские чиновники плохо ладили с тюркскими военачальниками, а всех их ненавидели крестьяне, страдавшие от высоких поборов.
