Существенным для развития академии моментом явилось также намеченное сокращение боевого состава и численности группировки РВСН с выделением в самостоятельный род Космических войск. Из этого, естественно, следовало сокращение для академии госзаказа на подготовку офицеров и урезание её собственного штата.
Как это ни парадоксально, ситуацию усугубляли ещё два обстоятельства. С одной стороны, демократизация порядка прохождения службы офицерами, позволяющая им оставлять службу по окончании контракта. С другой стороны — отсутствие ответственности слушателей и курсантов за досрочное прекращение учёбы после получения по-прежнему весьма приличной базовой академической подготовки с целью увольнения и последующего перехода в гражданские вузы.
Именно в таких, мягко говоря, непростых условиях академии пришлось буквально бороться за выживание.
Девяностые годы ознаменовались для академии снижением конкурса среди поступающих на учёбу, в докторантуру и адъюнктуру, сокращением притока перспективных офицеров из войск и гражданских специалистов на должности преподавателей, научного и инженерно-технического состава.
У офицеров постоянного состава и гражданского персонала академии наметилось очевидное снижение интереса к творческому росту.
Интеллектуальная основа военного вуза — количество офицеров — докторов и кандидатов наук сократилось с 414 в 1990 году до 381 в 1994-м. Причём сокращение шло главным образом за счёт наиболее востребованных на гражданском поприще дипломированных учёных в возрасте до 40-45 лет. Таким образом, научный потенциал академии стал устойчиво стареть.
Над рядом традиционных для академии научных школ, таких, как баллистика, техническая кибернетика, ракетных двигателей, нависла реальная угроза исчезновения. В отсутствие возможностей для развития стала отставать от современных потребностей учебно-материальная база. В содержании проводимых научных исследований заметно снизилась роль физического эксперимента. Всё это, естественно, не способствовало поддержанию в коллективе академии нормального делового настроя и должной ответственности в служебной деятельности. Десятки офицеров, на законном основании принявших решение о прекращении службы, но не обеспеченных жильём, продолжали годами формально занимать свои должности, при том, что их обязанности за счёт некомпенсируемой сверхнормативной нагрузки приходилось выполнять другим. Конечно, это не могло отрицательным образом не сказаться на общем качестве деятельности академии.
