Для руководства переходом был сформирован походный штаб во главе с капитан-лейтенантом В. Ф. Андреевым. Обеспечение ледовой проводки кораблей было возложено на Главное управление Северного морского пути, возглавляемое профессором О. Ю. Шмидтом. В целях безопасности плавания во льдах по предложению корабельного инженера А. И. Дубравина на миноносцах оборудовали деревянно-металлическую систему дополнительных креплений корпусов и установили гребные винты уменьшенного диаметра со сменными лопастями.
2 июля 1936 г. «Войков» и «Сталин» вышли из Кронштадта. По Беломорско-Балтийскому каналу они перешли в Архангельск, а затем в сопровождении ледореза "Ф. Литке" направились на Новую Землю, где их ожидали отряды судов, выделенные для снабжения экспедиции топливом, продовольствием, запасными частями. К этому времени на маршрут перехода вышли ледоколы «Ермак» (в Карское море) и «Красин» (в Восточно-Сибирское море). Вместе с "Ф. Литке" они должны были обеспечивать проводку кораблей во льдах. Для ведения воздушной ледовой разведки выделялось три самолета во главе с опытным полярным летчиком А. Д. Алексеевым.
На миноносцы в помощь командирам были назначены "ледовые лоцманы" опытные полярные капитаны П. Г. Миловзоров и Н. М. Николаев.[124]
В начале августа корабли и суда прошли Маточкин Шар, вышли в Карское море и по намеченному маршруту направились на восток. Их переход, особенно на участке между островом Диксон и морем Лаптевых, протекал в очень тяжелых ледовых условиях. Это потребовало от всего личного состава экспедиции, и прежде всего от экипажей миноносцев, большой выдержки, собранности, стойкости и умения.
Вот как описывает обстановку перехода и действия личного состава бывший инженер-механик «Войкова» В. Ф. Бурханов:
"Положение резко ухудшается… Огромные льдины берут в тиски наши миноносцы. Острые, выступающие углы льдин приближаются к бортам кораблей. Создается угроза быть раздавленными. Начинается борьба со льдом… Углы льдины взрываются мелкими зарядами. У бортов кораблей образуется каша из мелких осколков льда. Они создают подушку, способствующую равномерному распределению силы нажима льда на корпус корабля… Мы дрейфуем в нужном нам направлении. Это хорошо, но перемещение льда, перегруппировка, скольжение его вдоль бортов кораблей вызывают новые комбинации сжатия, грозят новыми повреждениями".[125]
В этих труднейших условиях военные моряки и полярники, действуя рука об руку и помогая друг другу, сумели не допустить повреждения кораблей, высвободить их из ледовых тисков, вывести на чистую воду и привести к месту назначения. Руководитель экспедиции О. Ю. Шмидт, находившийся на "Ф. Литке" и лично наблюдавший за работой военных моряков и полярников на переходе, при подведении итогов этого исторического перехода сказал: "На вашу работу, товарищи, было любо смотреть! Замечательно работали!"
