В ночь на 27 сентября последние английские корабли поспешно покинули Архангельск. Белогвардейские войска генерала Миллера еще некоторое время продолжали удерживать свои позиции, но вскоре под ударами Красной Армии начали отступать. Однако продвижение Северо-Двинской флотилии задержалось из-за магнитных мин, которые впервые в истории были применены английскими кораблями для прикрытия отхода своих войск. Средств борьбы с ними тогда еще не было не только у советского флота, но и у самих англичан.
Морякам флотилии пришлось затратить немало усилий, чтобы ликвидировать минную опасность. В сентябре в составе флотилии имелось лишь 11 тральщиков, поэтому к тральным работам привлекались и другие корабли. Для ускорения работ минный отряд был усилен 150 матросами.[75] Применение обычных тралов не давало результатов. Более того, попытка уничтожить новые мины с их помощью закончилась подрывом трех тральщиков.
29 октября водолазам удалось вытащить магнитную мину. Минеры после тщательного ее изучения разработали несколько конструкций тралов, но это не дало большого эффекта. Помогла флотская смекалка: моряки быстро углубили обходный фарватер и по нему провели корабли. 13 октября они смогли возобновить огневую поддержку частей Красной Армии, встретивших сопротивление белогвардейцев в районе реки Шипилиха. Совместными усилиями кораблей и сухопутных войск противник был выбит с занимаемых им позиций. Однако в связи с приближением ледостава кораблям пришлось уйти на зимовку. Наступление временно приостановилось.
В начале 1920 г. наступательные действия 6-й армии возобновились. Флотилия выделила для борьбы на суше отряд из 736 моряков и сформировала бронепоезд "Красный моряк". Наступление развивалось успешно. Трудящиеся Северного края оказывали активную поддержку наступающим частям Красной Армии. Под ударами советских войск солдаты белогвардейских частей начали сдаваться в плен целыми подразделениями. 20 февраля 1920 г. войска 6-й армии вступили в Архангельск. Перед этим в городе вспыхнуло восстание рабочих и матросов. Восставшие освободили из тюрем политических заключенных, вступили в бой с остатками белогвардейских войск и помешали им увести корабли и суда, находившиеся в Архангельске, в том числе линкор «Чесма», 2 миноносца, подводную лодку "Св. Георгий", 2 посыльных судна, 6 тральщиков, ледокол «Святогор».
В тот период большие политические события назревали в Мурманске. Здесь длительное время работала подпольная большевистская группа. 20 февраля, узнав о вступлении советских войск в Архангельск, она подготовила вооруженное восстание. Основные его силы составили местная комендантская команда, моряки транспорта «Ксения» и железнодорожники. Восставшие, выступив 21 февраля, арестовали многих белогвардейских руководителей, захватили ряд; кораблей, склады с мукой и военным имуществом. Лишь небольшой части белогвардейцев и их прислужников — предателей народа удалось бежать на двух пароходах. Вся власть перешла в руки Совета рабочих, солдатских и крестьянских депутатов.
