Командующим флотилией назначается бывший мичман В. Н. Варваци. В марте создается политотдел флотилии во главе с коммунистом Э. И. Батисом, вступившим в ряды социал-демократов Латвии еще в 1913 г. Значительно укрепляется звено военных комиссаров. На корабли военкомами назначаются М. Г. Степанов, награжденный орденом Красного Знамени, И. С. Занкин, М. А. Доминиковский, В. А. Шустов и другие опытные партийные работники.
Зимой на кораблях началось создание партийных организаций. В период напряженных боев 1919 г. усилился приток военных моряков в большевистскую партию. Быстрое увеличение рядов парторганизаций свидетельствовало о неуклонном росте влияния партии на широкие массы трудящихся, о повышении ее авторитета как руководящей и организующей силы. За год, с февраля 1919 г. по февраль 1920 г., число коммунистов на флотилии возросло более чем в 10 раз (с 51 до 554 человек). Только за май и июнь 1919 г. возникло 40 партийных ячеек. Фронтовая газета "Наша война" 20 мая 1919 г., приветствуя создание партийных ячеек, писала:
"Пусть благие их начинания найдут живейший отклик в сердцах, не входящих в эти организации. На долю Северо-Двинской флотилии… выпадает большая забота — скорее выгнать заморских пришельцев с Северной Двины и Архангельска.
Итак, в добрый путь, товарищи коммунисты. Продолжайте начатую вами работу на страх капитализму, на радость и победу социализма".
Политотдел, военкомы и партийные ячейки проводили большую политико-массовую работу среди моряков. Они организовали широкое разъяснение решений VIII съезда партии. Были созданы партийная школа, школа партийной грамоты, кружки по изучению марксистской теории. Важной формой политического воспитания моряков стали многолюдные митинги и общие собрания личного состава, на которых обсуждались вопросы повседневной жизни флотилии, положение в стране и за рубежом. Всемерно укреплялись связи моряков с местными партийными и советскими организациями. Моряки-коммунисты участвовали в агитационных поездках по волостям. Среди личного состава флотилии организовывались сборы и отчисления продовольствия в фонд помощи детям, трудящимся Петрограда.
В апреле 1919 г. части 6-й армии перешли в наступление на левом берегу Северной Двины с задачей вновь овладеть устьем реки Вага. Вначале обстановка на фронте для советских частей складывалась благоприятно. В районе боевых действий река вскрылась на две недели раньше, чем в устье. Это позволило упредить интервентов в развертывании речной флотилии. В первых боях принял участие почти весь ее состав: канонерские лодки "Павлин Виноградов", "Карл Либкнехт", «Урицкий», "Коммунист", «Володарский», плавучие батареи «Москва», "Петроград", «Кронштадт» и другие военные суда. Они поддерживали наступавшие войска мощным артиллерийским огнем. Сыграло свою роль также вспыхнувшее в те дни восстание в 3-м северном полку противника, подготовленное группой солдат-большевиков. 300 солдат полка с винтовками, пулеметами я орудиями перешли на сторону Красной Армии. И все же наступление не достигло своей цели: не хватило сил для преодоления обороны противника.
