Из трех братьев Аннибале был самым талантливым. Страстно отдававшийся своему делу, он работал быстро и с увлечением, остро полемизировал с противниками, ссорился с братьями, высмеивая аристократические замашки Агостино и педантизм Лодовико. Всем лучшим, что было в нем, болонский академизм обязан Аннибале, который фактически явился ведущей фигурой нового течения.
В 1580–1590 годах вместе с братьями Аннибале расписывает фресками палаццо болонской знати (Фава, Маньяни, Дзамбеккари) и ряд дворцов Болоньи. В складывающемся новом типе алтарной картины лучшие произведения принадлежат Аннибале – «Вознесение Марии» (1587), «Мадонна со св. Лукой» (1592).
«В этих импозантных композициях, то полных взволнованного движения, то строго симметричных и холодных, много скучной риторики, условной театральности, – пишет В.Н. Гращенков. – Тяжеловесные фигуры располагаются красивыми группами, каждое движение и жест, складки плащей строго рассчитаны, приведены в соответствие с канонами "классической" красоты».
В восьмидесятые годы наряду с произведениями на религиозные сюжеты Аннибале написал несколько смелых реалистических картин: «Лавка мясника», «Автопортрет с отцом», «Едок бобов». Особую группу представляют картины Аннибале на мифологические темы, в которых сильно сказывается его увлечение венецианцами. В этих картинах, прославляющих радость любви, красоту обнаженного женского тела, Аннибале выявляет себя хорошим колористом, живым и поэтическим художником («Венера и Адонис»).
В 1595 году Аннибале переехал в Рим, где по приглашению кардинала Одоардо Фарнезе начал работать над украшением парадных интерьеров его дворца. После сравнительно малозначительной росписи одного из залов палаццо Фарнезе Аннибале в 1597–1604 годах при участии брата Агостино и учеников расписал большую галерею палаццо Фарнезе. Эти фрески принесли ему мировую славу и послужили примером для многих декоративных ансамблей XVII–XVIII столетий.
В качестве программы росписи художнику была предложена тема триумфа любви.
«Аннибале разбил поверхность свода на три продольных полосы (разной ширины), и каждую из них – на несколько отдельных эпизодов; доминирует сцена "Триумфа Вакха и Ариадны" в центральном поле свода, а все остальные эпизоды расположены на разных расстояниях друг от друга, с ускорением ритма к середине, и эта неравномерность интервалов, этот элемент динамики сильно отличает роспись Карраччи от аналогичных ансамблей эпохи Возрождения, построенных на спокойных гармонических сопоставлениях. Отдельные сцены, изображающие эпизоды из античной мифологии, написаны у Карраччи в холодной, четкой, суховатой манере, при помощи которой художник стремится приблизиться к античности; но при этом он оформляет эти сцены как картины в широких нарядных рамах, словно прислоненные к своду; их окружают рельефно написанные обнаженные фигуры, как бы стоящие и сидящие рядом с картинами…
