В конце девяностых – начале шестнадцатого века художник создал огромные алтарные ансамбли для капеллы Сан-Хосе в Толедо (1597–1599), для церкви госпиталя Милосердия в Ильескасе (1600–1603), для Коллегии августинцев в Мадриде (1596–1605), а также композиции «Святое семейство» (1590–1595).
Эль Греко, несомненно, принадлежит к выдающимся портретистам мировой живописи. Мастер обладал исключительной зоркостью в изображении человека. Художник развивал новую тенденцию в портретной живописи – обращение к интимным переживаниям человека, к его внутреннему миру.
Созданные художником портреты аристократов, писателей, врачей, ученых, составили галерею выдающихся современников художника. Одно из ранних произведений такого рода – «Портрет кавалера с рукой на груди» (1577–1579).
«В портретах Эль Греко следовал испанской традиции – строгие, сдержанные лица остро индивидуальны и вместе с тем подчинены общей идее – выражению благородства и возвышенности, – отмечает Л.Л. Каганэ. – Но если в придворном портрете художники руководствовались принципом воплощения величия социального, то здесь, наоборот, превозносятся душевные качества людей…
Близкий художнику идеал человека выразился в портретах гуманиста дона Антонио де Коваррубиас (около 1594–1604), поэта фра Ортенсио Феликса Парависино (около 1610), в портрете Неизвестного (около 1600). Все это образы необыкновенной духовной красоты и благородства.
Повышенная эмоциональность отличает также изображения официальных лиц, которые приходилось писать художнику. Она особенно ощутима в портрете великого инквизитора Ниньо де Гевара (около 1600 года). Быстрый, проницательный, тяжелый взгляд из-под очков, рука, сжавшая кресло, выдают нервное напряжение кардинала. Разлетающаяся одежда, силуэт которой рисуется отдельными острыми углами, стремительность живописного мазка, контрасты холодного красного и белого цвета вносят в картину ощущение тревоги».
Как пишет Т.П. Каптерева: «В творчестве позднего Эль Греко, в котором мир предстает как единая одухотворенная стихия, изобразительные приемы принимают все более ирреальный характер. Одна из линий связана с темой мистического экстаза ("Пир у Симона Фарисея"), ликующего небесного полета в вихре света и цвета ("Вознесение Марии", 1613), с предельной одухотворенностью бестелесных безликих фигур ("Встреча Марии с Елизаветой", 1610–1614). Нарастающее чувство трагической обреченности звучит то более сдержанно в "Молении о чаше" (1606–1610), то создает зыбкий, словно возникающий в тяжком сновидении образ в "Лаокооне" – единственной картине мастера на мифологический сюжет (1610–1614).
