В сценарий вошёл материал, придающий эпический размах рассказу об охотнике Баире. Ромен Роллан говорил позднее, что «Потомок Чингис-хана» поразил его полнотой ощущения никогда не виденной страны, своеобразия жизни её людей. Герой рассказа Новокшонова — человек знатного происхождения. Герой фильма Пудовкина — бедный арат. Ладанка, сделавшая его потомком грозного властелина Монголии, попадает к нему случайно: её потерял, спасаясь бегством от гнева Баира, жадный лама.
Большое место в фильме занимают празднества в дацане (буддийском монастыре). Съёмкам праздника «Цам», на который — для «контакта с местным населением» — приехал полковник со свитой, Пудовкин придавал особое значение.
Но на пути режиссёра возникли неожиданные препятствия: многие ламы Гусино-Озёрского дацана запротестовали против киносъёмок религиозных церемоний и ритуальных танцев. Два дня длились споры — шла борьба сторонников «старой» и «новой» церкви.
Тогда правительство республики обратилось за помощью к местному ставленнику Тибета Бандидо — Хамбо-ламе. Главный лама собрал совет духовенства и повлиял на «непримиримых».
По принципу повторения реальных событий снимались партизанские сцены. На съёмки были приглашены бывшие партизаны, громившие банды Семёнова в степях Монголии. Съёмки вызвали у партизан живые воспоминания: они искренне переживали свои роли, игры тут не было, была жизнь, очень естественно повторенная перед киноаппаратом.
Следует вспомнить и такой эпизод, случившийся на съёмках «Потомка Чингис-хана» (Пудовкин рассказывал о нём студентам ВГИКа). Нужно было снять толпу монголов, которые с восторгом смотрят на драгоценный мех лисы. Сцена не получалась: монголы смотрели на лису равнодушно. Тогда режиссёр пригласил китайского фокусника и снял лица монголов, заворожённо смотревших на его чудеса. Получилось то, что нужно: участники массовки не играли восторг, а на самом деле восторгались: их восторг по поводу фокусов воспринимался зрителями в контексте с кадрами, показывающими драгоценный мех.
В работе над образом Баира главным для Пудовкина были типажные данные актёра. Валерий Инкижинов был выбран на роль Баира прежде всего потому, что мог стать Баиром без грима, оставаясь самим собой. Режиссёр тщательнейшим образом следил, чтобы исполнитель ни разу не сфальшивил, не ушёл от найденного совпадения — себя и Баира — во имя какой-то детали, позы, взгляда, жеста, какие могли показаться ему актерски выигрышными.
