У каждого из многочисленных адвокатов инквизиции свои аргументы в ее защиту. Одни утверждают, что инквизиция действовала непродолжительное время, что она никого не калечила и не казнила, что сжигали еретиков не инквизиторы, а гражданские власти, что папский престол имел к инквизиции самое отдаленное отношение и что если кто и зверствовал, так это испанская инквизиция, но за нее несет ответственность королевская власть, которой она была подчинена, а вовсе не церковь или тем более папский престол.
Другие защитники инквизиции пытаются перенести ответственность за кровавые деяния средневековых палачей на их же жертвы, которые-де своим неповиновением "вынуждали" церковь к жестокой расправе с ними.
Такие аргументы, например, мы встречаем в работе итальянского апологета инквизиции Агостино Чеккарони. Он утверждает, что причиной возникновения инквизиционных трибуналов являлись "насильственные действия, к которым прибегали еретики, начиная со времени, когда церковь вышла из катакомб, с целью разрушить фундамент, основанный на доброй религии Иисуса Христа, провоцируя тем самым не только справедливую реакцию со стороны церкви, но также справедливую общественную "вендетту"".
Чеккарони признает: "Испанская инквизиция совершила всевозможные эксцессы, которые могут быть вызваны политическими страстями в соединении с варварством и невежеством того времени". Но за деяния испанской инквизиции ответственность, утверждает он, несет только королевская власть, что же касается папской инквизиции, то она якобы "никогда не совершала подобного рода эксцессов, и это факт, что жертвы испанской инквизиции искали у нее защиты, и не без успеха". Разумеется, Чеккарони считает излишним приводить в подтверждение своей точки зрения какие-либо доказательства, потому что таких доказательств у него нет. Но отсутствие доказательств никогда не смущало поборников инквизиции.
Выгораживает и оправдывает инквизицию и официальная ватиканская "Католическая энциклопедия": "В новейшее время исследователи строго судили учреждение инквизиции и обвиняли ее в том, что она выступала против свободы совести. Но они забывают, что в прошлом эта свобода не признавалась и что ересь вызывала ужас у благомыслящих людей, составлявших несомненно подавляющее большинство даже в странах, наиболее зараженных ересью. Не следует, кроме того, забывать, что в некоторых странах трибунал инквизиции действовал самое непродолжительное время и имел весьма относительное значение. Так, например, в испанских владениях в Южной Италии он существовал только в тринадцатом и четырнадцатом веках, еще меньше в Германии. В самом Риме он быстро сошел со сцены; например, процесс против Лютера в 1518 г. было поручено вести не инквизиционному трибуналу, а генеральному прокурору апостолической камеры". Авторы цитируемой статьи скромно умалчивают об инквизиционных процессах против Джордано Бруно, Галилея, Кампанеллы и о многих других жертвах римской инквизиции. Они делают вид, что им ничего не известно о преступлениях папской инквизиции - конгрегации священной канцелярии.
