Феодосия Прокопьевна, будучи близкой подругой жены царя, имела сильное на неё влияние. Мария Ильинична, конечно, не противилась мужниным реформам церкви, но душою всё-таки сочувствовала обрядам своих родителей и прислушивалась к нашептываниям Морозовой. Алексею Михайловичу вряд ли это могло понравиться, но царь, любивший жену, не допускал выпадов против боярыни, хотя последняя становилась всё более нетерпимой по отношению к нововведениям и открыто поддерживала врагов государя.
В 1669 году царица умерла. Два года ещё Алексей Михайлович опасался трогать непокорную боярыню. Видимо, сказывалась печаль по безвременно ушедшей жене, но больше всего боялся царь возмущений старинных боярских родов, которые могли бы усмотреть в посягательстве на Морозову прецедент расправы с высокопоставленными семьями. Тем временем Феодосия Прокопьевна приняла постриг и стала именоваться инокиней Феодорой, что, конечно, усилило её фанатизм и «стояние за веру». И когда в 1671 году утешившийся, наконец, царь играл свадьбу с Натальей Кирилловной Нарышкиной, боярыня Морозова во дворец явиться не пожелала, сославшись на болезнь, что Алексей Михайлович счёл оскорблением и пренебрежением.
Вот тут-то царь припомнил Феодосии Прокопьевне все былые обиды; сказалось, видимо, и то, что самодержец, как простой смертный, недолюбливал подругу любимой жены и, как всякий мужчина, ревновал к ней. Алексей Михайлович обрушил на непокорную боярыню всю свою деспотическую силу.
Ночью 14 ноября 1671 года Морозова в цепях была препровождена в Чудов монастырь, где её уговаривали причаститься по новому обряду, но старица Феодора ответила твёрдо: «Не причащуся!» После пыток их вдвоём с сестрой отправили подальше от Москвы в Печерский монастырь. Здесь содержание узниц было относительно сносным. Во всяком случае боярыня имела возможность поддерживать общение со своими друзьями. Её навещали слуги, приносили еду и одежду. Протопоп Аввакум по-прежнему передавал наставления своей духовной дочери. А она как раз нуждалась в тёплой, сострадательной поддержке — у боярыни умер её единственный, горячо любимый сын. Горе увеличивалось ещё и тем, что она не могла с ним проститься, да и каково ей, монахине Феодоре, было узнать, что сына причащали и похоронили по новым «нечестивым» обрядам.
Новый патриарх Питирим Новгородский, сочувствовавший сторонникам Аввакума, обратился к царю с просьбой отпустить Морозову и её сестру. Кроме соображений гуманности, в этом предложении была и доля политического умысла: заключение твёрдой в своей вере боярыни, её сестры и их подруги Марии Даниловой производило сильное впечатление на русский люд, и их освобождение скорее привлекало бы к новому обряду, чем устрашение. Но царь, нежестокий по своей природе, на этот раз оказался непреклонен. Снова напрашивается версия, что его жгла какая-то личная обида на Морозову, а может быть, он чувствовал себя неловко перед Феодосией Прокопьевной из-за женитьбы на молодой красавице Нарышкиной и хотел забыть о прошлом. Впрочем, чего гадать?..
