Дети Изабеллы и Фердинанда не знали никакой другой жизни, кроме походной. Одежонка, из которой вырастали старшие, порой изодранная, передавалась младшим — королевские дети роскоши не знали. Конечно, Изабелла могла бы оставлять их дома, но она считала, что самолично должна заниматься их воспитанием и в особенности религиозным. Из пятерых детей у супругов был только один сын Хуан, на которого королевская чета, конечно, возлагала особые надежды.
Изабелла сильно любила и свою дочь Хуану, которая напоминала ей нервную, истеричную мать. Королева много времени уделяла этой девочке, жалея её, но судьба Хуаны сложилась трагично. Выйдя замуж за Филиппа Австрийского и родив ему сына, Хуана потеряла рассудок. После смерти мужа её отвезли в отдалённый замок и забыли навсегда. Но Изабелле уже не довелось увидеть, как отправляют её любимицу в заточение.
Материнское счастье, в отличие от военного, отвернулось от королевы. В 1497 году ей пришлось пережить ещё одну трагедию — её сын Хуан скончался в возрасте 19 лет, и нестарая ещё женщина оделась в монашеские одежды, стала мрачной и раздражительной. Семейная жизнь тоже дала трещину. В первые годы супружеской жизни Изабелла и Фердинанд любили друг друга, но со временем в их отношениях появился разлад. Сильные и властные натуры, они с трудом уступали друг другу, то и дело вступая в конфликты. Смерть сына окончательно отдалила супругов. Фердинанд завёл любовницу, а Изабелла стала мужененавистницей и полностью посвятила себя религии.
Изабелла больше не оправилась от перенесённого горя и мгновенно превратилась в дряхлую женщину, не нужную своему мужу. Единственное, что могло утешить королеву — цель, поставленная ещё в детстве в романтических мечтах, была достигнута. 2 января 1492 года мавры сдали Гранаду, а победители — Изабелла и Фердинанд — торжественно переехали в волшебный дворец в Альгамбре. Страна ликовала, с этого момента начала складываться единая испанская нация. Кроме того, королева достигла и самого главного — она уничтожила религиозное многообразие, закрепив католицизм. Изабелла подписала эдикт, в соответствии с которым всему нехристианскому населению её страны надлежало покинуть Испанию. Тысячи евреев, мусульман подверглись тяжёлым испытаниям испанской инквизиции. Самыми мрачными страницами царствования Изабеллы стало возрождение в 1480 году инквизиции. Именно при этой королеве Испания стала самой католически суровой страной, не одну сотню лет и после её царствования горели костры, сопровождаясь жестокими репрессиями.
