Однако позднее отношения Марло с правительством явно испортились. Он примкнул к вольнодумному кружку блестящего мореплавателя и ученого Уолтера Ралея. Иезуиты утверждали, что Ралей и его друзья занимались тем, что читали наоборот слово "бог" и получали слово "пес". В правительственных кругах на занятия кружка Ралея тоже смотрели с недоверием. Шпионы Роберта Сесила ведь не могли знать, что через три века часть усердных антистратфордианцев объявит, будто кружок занимался, так сказать, "коллективным написанием" пьес актера придворной труппы Вильяма Шекспира. Марло обвинили в атеизме и хотели предать суду. 20 мая 1593 г. его вызвали на заседание Тайного совета. Однако он не был арестован, его обязали только каждый день отмечаться в канцелярии Совета до тех пор, пока не будет вынесен приговор по его делу. Не известно, чем было вызвано это относительно милостивое решение Совета - недостаточно обоснованным обвинением, какими-то сохранившимися у Марло связями или даже намерением использовать его вновь в интересах "службы", а быть может, и желанием покончить втихомолку со ставшим неугодным писателем, не связывая себя официальным судебным процессом.
Марло был, таким образом, отпущен впредь до нового решения Совета, но оно так и не состоялось, так как через 10 дней подсудимый был убит. Известно, однако, что Тайный совет за это время получил дополнительные обвинения против Марло, содержавшиеся в доносе одного из его агентов Ричарда Бейнса. Обвинения были, очевидно, настолько серьезны, что копия доноса Бейнса была направлена королеве. В этой бумаге отмечалось, что донос поступил 2 июня, когда, по другим сведениям, Марло был уже два дня как мертв. В самой копии указывалось, что Марло умер через три дня после получения Советом доноса. Странное обстоятельство, если не счесть это результатом ошибки переписчика. Он собирался, вероятно, написать - за три дня "до", а указал - через три дня "после" получения доноса наступила смерть неблагонадежного сочинителя пьес. Ибо иначе трудно понять, почему ничего не упоминается о действиях, которые должен был бы предпринять Совет, будь Марло еще живым в момент доставки документа. А таким действием мог быть только приказ о немедленном аресте. Необходимо отметить еще один многозначительный факт. В доносе Бейнса наряду с Марло названы сэр Уолтер Ралей и математик Гарриот и указано, что обвинение должно быть распространено на ряд других связанных с ними высокопоставленных лиц, имена которых будут названы позднее. В копии доноса, посланной Елизавете, имя Ралея было опущено.
