Губернатор начал с подарка, передав англичанам муку, кур и вино. Он согласился прибыть на борт английского корабля на следующий день. Когда же он не сдержал своего слова, англичане сказали ему, что сожгут город, если он не придет, добавив, что размер выкупа должен быть не менее 100 тыс. ф. ст. Губернатор сначала предложил 80 тыс., а потом 60 тыс. ф. ст. Роджерс настаивал, чтобы ему было бы выплачено 80 тыс. ф. ст.
Переговоры затягивались, и Роджерс решил атаковать город. Пушки, установленные на носу лодок, открыли огонь, в то время как Роджерс, Довер и Кортни во главе отряда из 70 человек высаживались на берег. Англичане после ожесточенной перестрелки захватили всю береговую линию и вышли на окраину города. На одной из улиц у церкви они увидели четыре пушки, наведенные на них. Роджерс во главе группы из 10 человек бросился на орудийную прислугу. Испанцы были перебиты, орудия были захвачены. К группе Роджерса вскоре присоединились другие. Они начали захват города, а Дампир с группой матросов был оставлен защищать подходы к лодкам. К утру англичанам удалось овладеть пригородом. Они захватили десятка два пленных. Начался погром. Взламывались двери церквей и оттуда уносилась дорогая утварь, грабились магазины и жилые дома. От разрушения города англичане пока воздерживались, полагая, что теперь уж губернатор отдаст им требуемую сумму выкупа. В ходе дальнейших переговоров сумма выкупа была уменьшена до 60 тыс. ф. ст. с условием, что то, что уже было награблено англичанами, останется у них, а именно: 230 мешков муки, 15 бочонков масла, 160 бочонков вина, 4 бочонка пороха, 1 т дегтя, 150 тюков различных товаров и драгоценности на сумму около 1,2 тыс. ф. ст.
Губернатор согласился, и 28 апреля англичане ушли из города, увезя захваченную добычу на лодках. Деньги губернатор обещал прислать позднее в обмен на пленных, захваченных в городе. Через неделю к Пуне подошла лодка, на которой было доставлено 44 тыс. ф. ст. После угрозы англичан увезти с собой в Англию пленных испанцев губернатор прислал еще 7 тыс. ф. ст. В ответ на это Роджерс освободил пленных.
Вскоре после того как английские корабли исчезли в открытом океане, за ними по распоряжению вице-короля Перу была послана погоня: три испанских и одно французское судно. Но они не сумели найти англичан.
В это время англичане тяжело расплачивались за свой успех в Гуаякиле. В городе, как оказалось, свирепствовала эпидемия какой-то тяжелой болезни. Роджерс называет ее в своих записях злокачественной лихорадкой, а Довер – чумой. Англичане подхватили там инфекцию, и на пути к Галапагосским островам, куда направились их корабли, число больных доходило до 150 человек. Излечившись от болезни пуншем, Роджерс распорядился лечить всех других больных тем же способом.
