В 1879—1883 годах он снова служил в Туркестане, где, участвуя во 2-й Архангельской экспедиции, являлся одним из ближайших помощников ее руководителя генерала М. Д. Скобелева. В январе 1882 года за отличия в боевых действиях против текинцев 34-летнего А. Н. Куропаткина произвели в генерал-майоры с утверждением в должности начальника Туркестанской стрелковой бригады.
В 1883—1890 год служил при Главном штабе. В 1886 году был отмечен царем Александром III за «особые труды» по разработке проектов «Об особых правах и преимуществах гражданской службы в отдельных краях Империи» и «Об устройстве управления в Туркестанском крае». В 1888 году успешно командовал сводной дивизией в лагерном сборе Одесского военного округа и в Варшавском округе — отрядом войск во время маневров. В марте 1890 года произведен в генерал-лейтенанты.
В 1890— 1897 годах Алексей Николаевич являлся начальником Закаспийской области. За время его управления этот пустынный край, не имевший ни дорог, ни городов, со слабыми зачатками промышленности, с полудиким кочевым населением, промышлявшим более всего грабежом и разбоем, стал более благоустроенным, здесь успешно развивалось земледелие, торговля и промышленность, появились крупные селения и города. Возникли школы, проведена реформа судебной части, привлечены многочисленные переселенцы из внутренних губерний. В 1895 году Куропаткин был послан во главе чрезвычайного посольства в Тегеран для сообщения персидскому шаху о вступлении на престол Николая II.
С января 1898-го до февраля 1904 года Куропаткин возглавлял военное министерство. Со второй половины XIX века русская армия значительно отстала в боевой готовности от армий европейских стран. Переустройство армии, начатое еще Д. А. Милютиным, требовало колоссальных денежных средств, выделить которые в короткий срок не представлялось возможности из-за проводимых одновременно широких неотложных реформ всего государственного строя страны. Ко времени, когда Куропаткин стал военным министром, Россия по росту затрат на оборону государства шла впереди других держав. Однако и эти значительные ассигнования являлись далеко не достаточными для устранения долголетней запущенности русской армии, тем более что и соседние государства продолжали непрестанно развивать свои вооруженные силы.
При отпуске кредитов военному ведомству незадолго до Куропаткина начал применяться так называемый предельный бюджет, по которому средства на расходы военного ведомства не отпускались ежегодно, но распределялись по смете на 5 лет. Последняя в своем окончательном виде неизбежно урезывалась по финансовым соображениям. Так, на пятилетие (1899—1903) сверхсметный расход на наиболее неотложные мероприятия исчислялся предшественником Куропаткина генералом Ванновским в 455 млн рублей, а было отпущено всего 160 млн рублей.
