Все изменилось весной 1748 года, когда в семинарию приехали И. А. Браун и М. В. Ломоносов. Эти ученые отбирали ребят для приема в Академию. Руководители семинарии отказалось направить Баркова для сдачи отборочного экзамена, поэтому молодой человек отважился без разрешения явиться к Михаилу Васильевичу и лично попросить его об испытаниях. Дерзкий и шустрый юноша необычайно понравился Ломоносову, и тот охотно разрешил пареньку пройти экзаменацию, после которой написал в канцелярию Академии: «Сего Апреля 24 дня приходил ко мне из Александровской Семинарии ученик Иван Барков и объявил… что весьма желает быть студентом при Академии Наук, и для того просил меня, чтоб я его екзаменовал. И по его желанию говорил я с ним по латине и задавал переводить с латинского на российский язык, из чего я усмотрел, что он имеет острое понятие и латинской язык столько знает, что профессорския лекции разуметь может… При том объявил он, что учится в школе Пиитике, и что он попов сын, от роду имеет 16 лет, а от вступления в Семинарию пятой год…». При этом ученый уверенно предполагал, что Барков и «в науках от других отметить себя может».
Четверых успешно сдавших отборочный экзамен семинаристов официально приняли в Академию. Их документы сдали в академическую канцелярию, которой было постановлено: «… написать их в академический список и обучаться им некоторое время в Гимназии, ибо оные от профессоров принимать лекции не гораздо еще в хорошем состоянии. Жалованья им производить по 3 руб. 50 коп. на месяц из положенной суммы на академических учеников».
Во время обучения в Академии Иван Барков был одним из самых старательных учеников. Юноша с огромным удовольствием изучал гуманитарные науки. Он учился на курсе красноречия и поэтики, который преподавал И. Э. Фишер, посещал лекции В. К. Тредиаковского, где познавал секреты стихосложения, с огромным энтузиазмом изучал работы авторов эпохи Античности и делал многочисленные переводы научных и религиозных текстов.
Тем не менее, несмотря на успехи в учебе, Иван Барков не был в числе любимчиков преподавателей, поскольку отличался крайне независимым и буйным нравом, который не считал необходимым скрывать от окружающих. Дисциплину Барков считал ненужной и ущемляющей его свободу. Один из преподавателей студента по этому поводу сказал, что молодой Иван «средних обычаев, но больше склонен к худым делам».
Но это еще не все. Барков, словно презирая свое церковное воспитание, начал регулярно напиваться, буйствовать в пьяном виде, драться и скандалить.
