В восточной части Римской империи теологи спорили в первую очередь о природе Христа и о том, каково его сущностное отношение к Богу-отцу. Хотя их рассуждения часто были трудны для понимания, они все равно оставались конечной инстанцией для каждого человека: ведь от того, что представляет собой природа Христа, напрямую зависит личное спасение. Истоки различных теорий и, в еще большей степени, причины их популярности лежали главным образом в области теологии; вместе с тем с ними всегда были связаны другие, более мирские мотивы. Готы и вандалы приняли учение египетского пресвитера Ария, который отрицал единосущность Бога-сына (Христа) и Бога-отца. Сами они, вне сомнения, были убеждены, что их позиция теологически безупречна; но с таким же основанием можно утверждать, что они выбрали учение, объявленное Римской церковью еретическим, только затем, чтобы подчеркнуть свое отличие от римлян. Армяне, сирийцы и египтяне в такой же мере стремились подчеркнуть свое культурное отличие от греков, когда объявляли себя сторонниками других ересей – несторианства (учения о человеческой по преимуществу природе Христа) или монофиситства (учения о чисто божественной природе Христа).
Споры между патриархами Константинополя, Антиохии, Александрии и римскими папами о том, кто должен считаться главой христианской церкви, были связаны, как правило, с теологическими дискуссиями; к тому же эти претензии во многом опирались на симпатии населения больших восточных городов. Такое положение вещей со временем перестало устраивать императоров. Монофиситы, преобладавшие в Египте и Сирии, имели немало сторонников и сочувствующих в столице – начиная от партии «зеленых» на ипподроме вплоть до придворных и даже самой супруги Юстиниана, Феодоры. Однако большинство греков, вместе с римскими папами и населением западных областей, были настроены ортодоксально и твердо придерживались постановлений Халкидонского собора 451 г., согласно которым во Христе соединены две природы, божественная и человеческая. Маневрируя между этими партиями, императоры, как правило, поддерживали ортодоксов, но не желали полностью запрещать монофиситство из опасений потерять Сирию и Египет. Для подобных мыслей были веские основания. Религиозные противоречия между Константинополем и этими провинциями позволяют отчасти объяснить, почему они не пожелали обороняться против арабов в VII в.
На Западе теологические споры возникали главным образом по поводу проблемы отношения Бога к человеку, а не вопроса о природе Христа, как на Востоке; но и здесь наблюдалось такое же переплетение религиозных и светских мотивов. Самой серьезной схизмой, или расколом, в Западной церкви стало движение донатистов. Оно возникло в результате споров о поведении африканских епископов во время гонений Диоклетиана и фактически привело к образованию отдельной африканской церкви, которая опиралась на поддержку местного населения в ситуации общего социального недовольства. Учение донатистов лишь незначительно отличалось от догматов ортодоксальной церкви; но именно борьба с донатистами стала одной из главных задач Августина, так и не выполненной вплоть до того времени, когда Африку захватили вандалы.
