«Некролог» пишет о болезни Баха: «У него было слабое от природы зрение, которое следствие неслыханного воодушевления, с которым он учился, особенно в молодые годы, когда бодрствовал целыми ночами, все ухудшалось, и в последние годы эта слабость зрения превратилась в болезнь глаз. Бах хотел было избавиться от своей болезни путем операции. Движимый отчасти желанием всеми своими оставшимися, и еще очень свежими, духовными и телесными силами служить богу и своим ближним, отчасти следуя совету некоторых своих друзей, возлагавших большие надежды на одного глазного врача, прибывшего в то время в Лейпциг, Бах решил избавиться от болезни путем операции. Однако операция, несмотря на то, что ее пришлось проделать дважды, не удалась. Он не только потерял зрение, но вследствие операции и оказавших вредное действие лекарств, разрушился весь его до того совершенно здоровый организм, так что целые полгода он был почти постоянно болен. За десять дней до смерти казалось, что зрение его поправляется, так что как-то утром он снова начал видеть и даже мог выносить свет. Но через несколько часов после этого с ним случился апоплексический удар, затем резко поднялась температура и, несмотря на все старания двух самых лучших врачей Лейпцига вернуть его к жизни
28 июля 1750 года
в четверть девятого на шестьдесят шестом году жизни он тихо отошел в другой мир».
Известный английский глазной врач шевалье Джон Тейлор, который позже лечил и Генделя, в своих мемуарах «История путешествий и приключений глазного врача шевалье Тейлора, написанная им самим» рассказывает, кстати, довольно неточно, историю лечения Баха: «Я видел множество удивительных животных, дромадеров, верблюдов и др., особенно в Лейпциге, где я возвратил зрение одному знаменитому музыканту, которому шел уже 88-ой год (sic!). С ним вместе вначале воспитывался Гендель».
Бах, даже в последние дни своей жизни, когда только глаза позволяли ему, просматривал свои произведения для органа. Еще прежде, чем он полностью ослеп, он энергичной рукой переписал свои 15 хоральных прелюдий, но потом болезнь вернулась с новой силой. Во время болезни он очень дорожил обществом своей дочери Лизген и зятя Альтниколя, который записывал на бумагу последние мысли композитора: XVI и XVII прелюдии. В начале июля он продиктовал еще заключительную пьесу серии, XVIII прелюдию «Когда мы в самой тяжкой беде». Но потом он попросил Альтниколя изменить заголовок согласно тексту другого хорала, который поют на ту же мелодию
