Факт ареста Бабицкого сначала категорически отрицался, но, благодаря неоспоримым свидетельствам очевидцев, был все-таки признан.
И.о. генерального прокурора Владимир Устинов заявил, что Бабицкий нарушил «правила поведения журналистов, действующие в зоне проведения контртеррористической операции», и 27 января 2000 года был арестован по статье 90 УК РФ.
Арест вызвал протесты на Западе. Успокаивая Запад, помощник и.о. Президента Сергей Ястржембский заявил, что инцидент с журналистом находится «под личным контролем» Путина, после чего была распространена информация, что 2 февраля Бабицкий уже освобожден под подписку о невыезде.
Тем не менее, «освобожденный» Бабицкий так и не вышел на связь ни с семьей, ни с коллегами. Далее оказывается, что 3 февраля 2000 года он был, якобы с его добровольного согласия, передан «полевому командиру Саиду Усаходжаеву» в обмен на группу попавших в плен к боевикам российских солдат. При этом С. Ястржембский заявляет, что с момента «обмена», «федеральный центр ответственности за дальнейшую судьбу Бабицкого не несет» и не вспоминает больше про «личный контроль» Путина.
По телевидению была показана съемка «обмена», сделанная ФСБ, на которой Бабицкий отнюдь не похож на человека, действующего добровольно. Напротив, видно и слышно, что съемка производится вопреки его протестам, а сам он передается (людям в масках) под конвоем автоматчиков. Бумага, на которой зафиксировано согласие Бабицкого на передачу его боевикам, была датирована 31 января – т. е. до постановления о его освобождении под подписку о невыезде.
Президент сепаратистов Аслан Масхадов сообщает на «Свободу», что «полевого командира» с узбекской фамилией Усаходжаев у него нет, а о судьбе Бабицкого после ареста ему ничего не известно. Все российские спецслужбы и силовые ведомства отрекаются от своей причастности к обмену – включая Министерство обороны, хотя в то же время министр обороны Игорь Сергеев заявляет по ОРТ, что ему «и десять Бабицких не жалко» отдать за одного из своих солдат.
В средствах массовой информации, не подконтрольных государству, в частности, в газете «Сегодня» из медиа-холдинга Владимира Гусинского, появляются предположения, что обмена вообще не было: просто «кто-то проводит операцию по упрятыванию концов в воду, причем проводит бездарно» .[1]
Наиболее подробно и без снисхождения к лживости властей «дело Бабицкого» комментировалось на телеканале НТВ, в «Общей газете» (был издан спецвыпуск), в «Новой газете», «Новых Известиях», «Московских новостях».
